Еще не восстановив здоровье, Эрик XIV вступил в брак с любовницей — Карин Монсдоттер, девушкой из простонародья, вскоре родившей сына. Младшие братья, герцоги Юхан и Карл, немедленно подняли восстание, овладели Стокгольмом и казнили Йерана Перссона. Эрик XIV был свергнут и заключен в замок, где и умер (возможно, был убит). Королем стал Юхан.
Новый монарх — Юхан III (1568–1592), опираясь на аристократию, утвердил и расширил ее привилегии. Графы и бароны получили значительные владения. Но все же Юхан III нарушал обязательства в отношении дворян, в частности при введении экстраординарных налогов.
Тем временем достиг совершеннолетия Карл — младший сын Густава Васы, получивший герцогство в Центральной Швеции. Сначала отношения Карла с Юханом III были дружественными. Но затем возникли противоречия — отчасти религиозные: Юхан III был сторонником уступок католицизму, а герцог Карл последовательным лютеранином. Основное противоречие являлось политическим: Карл добивался самостоятельности своего герцогства, опираясь на местных дворян и давая им привилегии.
Вскоре возник вопрос о персональной унии Швеции и Польши: наследник престола Сигизмунд (III), сын Юхана III и Катарины Ягеллонки, был избран и на польский трон. Тогда, после смерти Юхана III, уже герцог Карл сблизился с риксродом. В 1593 г. на соборе в Уппсале Государственный совет, духовенство и дворянство упразднили уступки католицизму, сделанные при Юхане III. Аристократы-интеллектуалы Эрик Спарре и Хогеншильд Бьельке обосновали незыблемость дворянских привилегий — даже в условиях наследственной монархии. В конце концов Сигизмунд утвердил дворянские кондиции, признал решения уппсальского собора 1593 г., обязался блюсти законы. Было решено, что Швецией во время отлучки короля будет править Государственный совет под председательством герцога.
Но полномочия герцога и совета оказались ограниченными: не разрешалось издавать указы, созывать риксдаг. Дворян не устроила и реальная политика Сигизмунда, назначившего на ключевые должности своих приближенных. И вскоре Карл был провозглашен регентом Швеции и созвал риксдаг. Применив испытанное старинное средство — угрозу отречения от власти — Карл добился, что риксрод утвердил его в должности правителя. Затем он повел борьбу против короля, переросшую в военный конфликт, который завершился победой регента, ставшего королем Швеции Карлом IX. В 1604 г. шведская корона была закреплена за его потомками.
В XVI веке окончил существование Ливонский орден — духовная и политическая организация (фактически государство) немецких рыцарей в Восточной Прибалтике. За временным подъемом и укреплением (конец XV — начало XVI в.) последовали кризис и распад.
Ливонией поначалу называлась область, населенная ливами, одной из древних народностей на территории Латвии. С XIII в. это название распространилось на всю территорию Эстонии и Латвии, подчиненную немецким завоевателям и освоенную немецкими колонистами. Ливонский орден был образован как особая ветвь Тевтонского ордена в 1237 г., и со временем под его властью оказалась большая часть латвийских и эстонских земель. Другими крупными территориями — союзниками Ордена, а иногда соперниками — являлись церковные владения: архиепископство Рижское и епископство Курляндское (Курземское) на Юге Ливонии, епископства Дерптское (Тартуское) и Эзель-Викское (Сааремаа-Ляанское) на Севере. Немалой территорией обладала Рига.
