Планы Стамбула обуздать мамлюкскую вольницу с помощью энергичного бея оказались необоснованными и вскоре рухнули. Сначала Али-бей, получивший за свою решительность прозвище будут капай (разверзающий тучи), обещал властям восстановить «истинный османский порядок» в Египте и в том числе регулярно выплачивать дань в центральную османскую казну, а также выполнять обязанности Египта в отношении священных городов Хиджаза. В ответ он получил от Порты санкцию на открытый террор против нелояльных мамлюкских «домов» и экспроприацию их имущества в свою пользу. Однако успех в сокрушении власти соперников привел Али-бея на путь открытой конфронтации с Портой. С начала 1770-х годов он, пользуясь своим могуществом, отказался платить османам ежегодную дань и объявил себя сувереном Египетской провинции. Его имя зазвучало в мечетях во время пятничной проповеди (хутбы) и чеканилось на монетах наряду с именем османского падишаха. Как писал Вольней, «гордость его оскорбляема была зависимостью от Константинополя; он ничего не желал, кроме как сделаться султаном всего Египта».
Между тем Порта, вовлеченная в 1768–1774 гг. в войну с Россией, была не в силах помешать сепаратистским планам Али-бея. Сохраняя видимость дружественных отношений с ним, султанское правительство поручило египетскому войску вмешаться в династийный конфликт в Хиджазе, где две группировки потомков Пророка (хашимитов) соперничали за право управлять священной округой Мекки и Медины. В 1770 г. ближайший соратник Али-бея Мухаммед Абу-з-Захаб во главе крупной военной экспедиции вторгся в святые земли ислама. Меньше чем за полгода Хиджаз был покорен, а в мекканской правящей верхушке возобладали сторонники и протеже Али-бея. Османский губернатор красноморского порта Джидды был заменен на мамлюкского бея, а правителем Мекки хашимиты провозгласили некоего Абдаллаха, который не замедлил титуловать своего благодетеля «султаном Египта и обоих морей». Этот средневековый мамлюкский титул символизировал как желание Али-бея возродить самостоятельную египетскую государственность, так и его претензии на господство над средиземноморским и красноморским бассейнами.
Возвышение Али-бея завершилось его авантюрной попыткой завоевать Сирию. Он вступил в сговор с палестинским шейхом Дахиром аль-‘Умаром, однако интриги в его окружении и измена самого надежного союзника и фаворита Мухаммеда Абу-з-Захаба привели к тому, что Али-бей был вынужден бежать в 1772 г. в Палестину. В изгнании мамлюкский предводитель не оставлял мысли о походе на Каир. Весной 1773 г. он вновь двинулся на Египет, но в решающем сражении при Салихийе потерпел поражение от Мухаммеда Абу-з-Захаба и вскоре скончался от ран. С его смертью закончилась одна из наиболее серьезных в истории османского Египта попыток вырвать его из подчинения Порте. Несмотря на то что стремлению Али-бея обрести независимость в конечном итоге не суждено было сбыться, в течение второго его правления (1767–1772) Египет фактически находился вне суверенитета Османской империи. Прямым следствием этого явилось дальнейшее ослабление зависимости Египта от центральной османской администрации.
Преемник Али-бея на посту шейх аль-баляда Мухаммед Абу-з-Захаб стремился обеспечить себе безраздельное господство над Египтом без конфронтации со стамбульским правительством. Он признал власть османского наместника Халиль-паши (1773), разом погасил трехлетнюю задолженность Египта Порте и уступил пост заместителя наместника (ка'иммакама) собственному мамлюку Ибрахим-бею. Все это практически не повлияло на его положение фактического правителя пашалыка. В 1775 г. султан Абдул-Хамид I присвоил ему титул трехбунчужного паши (вазира) и возвел в должность вали Египта, которую тот присовокупил к посту шейх аль-баляда.
