Из трех центров европейского присутствия, возникших в XVI–XVII вв. — Малакки, Манилы и Батавии (Джакарты) — значимость сохранили и упрочили два последних. Переход Малакки в руки нидерландской Ост-Индской компании (1641) привел к падению ее торговой привлекательности (голландцы перенесли торговлю в Батавию) и резко уменьшил европейское (португальское) население города, значительную часть которого вывели в ту же Батавию. Последней в XVIII в. была уготована иная судьба. Превращение Компании в территориальную державу (с центром в Батавии) на Яве и Мадуре привело к тому, что главной сферой ее деятельности и основным источником доходов стала не столько торговля, сколько управленческо-фискальные функции.
В середине XVIII в. окончательно оформилась административно-судебно-налоговая система голландского колониального управления. На протяжении почти всего своего существования администрация в Батавии управляла разбросанными от Японии до мыса Доброй Надежды территориями, поселениями, факториями и фортами. Вплоть до середины XVIII в. Компания воспринималась на Востоке скорее как торговая организация, нежели как суверен. Все европейские служащие Компании независимо от занимаемой должности носили «торговые» ранги: старший торговец, торговец, младший торговец, бухгалтер, помощник бухгалтера и т. п.
По мере упрочения власти Компании ее владения превращались в огромную плантацию. В XVIII в. Компания приступила к насильственному внедрению культур, пользовавшихся спросом на мировом рынке. Наиболее важной из этих культур стал кофе. Зерна, из которых, как с удивлением заметил голландец, оказавшийся в 1616 г. в Аравии, приготовляют для питья черную горячую воду, попали в Республику Соединенных провинций в 1661 г. С 1696 г. предпринимались попытки разведения кофе на Яве, а в начале XVIII в. стараниями генерал-губернатора Йохана ван Хоорна (1704–1709) первые кофейные плантации появились в окрестностях Батавии. В 1711 г. на склады Компании были доставлены первые 100 фунтов кофе. Через девять лет производство кофе возросло до 100 тыс. фунтов, а еще через двенадцать лет — до 12 млн фунтов. В последующие годы голландские власти в зависимости от спроса то побуждали яванских крестьян делать новые посадки, то приступали к их уничтожению. Крестьяне получали жалкие гроши за сдаваемую ими продукцию, кроме того, они были обязаны своими силами осуществлять хранение и перевозку кофе. Львиная доля прибылей от реализации кофе попадала в руки Компании, ее служащих и местных феодалов — регентов. Другими важными экспортными культурами в XVIII в. стали сахарный тростник, индигоноска и хлопчатник.
С точки зрения политической основным результатом деятельности Компании было создание голландской колониальной империи в Индонезии. Превращение Ост-Индской компании в территориальную державу на Архипелаге внесло принципиально новую ноту в политическую жизнь всего Архипелага вне зависимости от установления прямого контроля Компании над теми или иными государствами и владениями. Отныне просто в силу своего военного и морского превосходства она могла в случае необходимости вмешиваться в отношения между любыми индонезийскими государствами. Существование голландских владений закрыло путь к политическому объединению посредством завоеваний или династических браков Архипелага или его значительных частей. Показательно, что раздел Матарама на Суракарту и Джокьякарту вначале воспринимался современниками как повторявшееся в яванской истории разделение, которое должно смениться новым объединением. Но отныне соединения двух государств без воли и согласия колонизаторов быть не могло, и это разделение сохранялось до конца колониального периода. Другим очень важным отличием было то, что голландская капиталистическая система и ее носители не встраивались в местное общество, не ассимилировались, как это произошло с носителями других культур, а существовали отдельно, причем центр этой системы, регулировавшей экономические, политические и культурно-психологические отношения с местным обществом, находился за пределами Индонезии.
