Неискушенному наблюдателю конца XVIII в. мощь и богатство Компании казались непоколебимыми. Регулярно выплачивались дивиденды, и акции Компании в 1781 г. продавались по цене, в два с лишним раза превышавшей их номинальную стоимость. Блестящий фасад скрывал, однако, полностью прогнившее здание. Прибыли Компании падали: в 1724–1725 гг. ее баланс впервые был сведен с дефицитом, но поскольку отчеты не публиковались, а бухгалтерские книги в Батавии не соответствовали тем, что находились в Амстердаме, общественное мнение Нидерландов не имело представления об истинном положении дел. Расходы на войны и управление поглощали львиную долю доходов от дани, налогов и торговли, а дивиденды пайщикам (неизменные 18 % годовых) выплачивались за счет постоянных займов.
Компания была коррумпирована сверху донизу. Генерал-губернаторы с жалованьем 700 гульденов в год привозили домой состояние в 10 млн гульденов, младший торговец платил (официально) 3500 гульденов за назначение на пост с жалованьем 40 гульденов в месяц и получал на этой должности годовой доход в размере 40 тыс. гульденов. Коррупция достигла таких размеров, что накануне падения Компании был введен официальный налог на взятки, которые получали ее должностные лица. Коррупция сочеталась с прямым воровством: недостача в миллион гульденов в казначействе Батавии не была раскрыта, пока скоропостижно не скончался главный кассир.
Причина упадка Ост-Индской компании была глубже, нежели дефицит в ее балансе и коррупция служащих. Упадок Компании с ее устаревшими методами, препятствиями, чинимыми ею частной инициативе, в том числе и голландских предпринимателей, был неизбежен и закономерен. Несмотря на сохранение и даже расширение нидерландской колониальной империи, в XVIII в. страна утратила свою колониальную, торговую и морскую гегемонию, которая перешла к Великобритании. Попытки наиболее дальновидных колониальных деятелей осуществить некоторые реформы натолкнулись на сопротивление торговой олигархии в метрополии. Окончательный удар по колониальному могуществу Нидерландов и ее Ост-Индской компании нанесла Четвертая англо-голландская война (1780–1784). Тяжелее всего сказалась морская блокада. Все связи между Архипелагом и Европой были прерваны, огромное количество непроданных товаров скопилось на складах Батавии.
В 80-90-х годах XVIII в. правящая верхушка Соединенных провинций безуспешно старалась поправить дела Компании, создавая бесчисленные комиссии и выдвигая различные проекты реорганизации управления Компанией и ее колониальными владениями. Борьба вокруг предоставления Компании займов и проведения реформ в ее управлении оказалась тесно связанной с бурными внутриполитическими событиями в Республике Соединенных провинций во второй половине XVIII в.
В 1793 г. Франция начала войну с Англией и Нидерландами. Голландские эмигранты во Франции сформировали Батавский легион, одним из офицеров которого был Херман Виллем Данделс, бывший адвокат, будущий наполеоновский маршал и генерал-губернатор Индонезии. В январе 1795 г. французская армия заняла Нидерланды. Статхаудер Вильгельм V Оранский бежал в Англию. Падение Оранской династии ускорило конец Компании. 31 декабря 1799 г., в день, когда истекал срок действия хартии Компании, все ее владения и долги (134 млн гульденов) перешли Батавской республике, государству, образованному в 1795 г. на территории Соединенных провинций.
Третьим центром европейского присутствия в Юго-Восточной Азии была испанская Манила на Филиппинах. В XVIII в. под властью Испании оказался почти весь архипелаг за исключением мусульманского юга. Колонизаторы перенесли на Филиппины феодальные отношения, разрушив доколониальную социально-политическую структуру. Основным типом феодального землевладения стало поместье (асьенда). Наиболее крупными (коллективными) асендеро были монашеские ордена. Число остальных испанских помещиков было крайне незначительным. В основном это были представители администрации во главе с генерал-губернаторами. В XVIII в. довольно интенсивно шло формирование слоя помещиков-филиппинцев из представителей местной общинной верхушки, составлявшей низшее и среднее звено колониальной администрации. Основной формой эксплуатации была издольщина. Плантационное хозяйство по образцу Латинской Америки на Филиппинах появилось лишь в конце XVIII в.
Особенностью Филиппин была христианизация и сопровождавшая ее испанизация культуры, явственно обнаружившиеся в XVIII в. Объединенные в религиозные ордена монахи составляли более двух третей проживавших на архипелаге испанцев. Обладая экономической и финансовой самостоятельностью, юридическим иммунитетом, собственной системой административного управления, церковь представляла собой силу, почти независимую от колониальной администрации. В борьбе с администрацией, в XVII–XVIII вв. принимавшей характер острых конфликтов, перевес, как правило, оказывался на стороне церкви.
