Во второй половине XVIII в. значительная часть финансовых ресурсов Цинской империи расходовалась на многочисленные войны. С начала 50-х годов XVIII в. китайские власти стали предпринимать активные действия, призванные усилить влияние Китая на сопредельных территориях или окончательно подчинить их ему. Начиная с конца 40-х годов Пекину также пришлось подавлять антиправительственные выступления на периферии страны. В эти годы прошла первая война в Цзиньчуани (северо-запад провинции Сычуань), в 50-х годах окончательно была установлена власть империи над Тибетом и занят так называемый «Западный край» (это потребовало трех походов в Джунгарию и экспедиции в Кашгарию), в 60-х годах состоялись четыре похода в Бирму, в 70-е годы прошла вторая война в Цзиньчуани, в 80-е годы было подавлено восстание на Тайване и осуществлен поход во Вьетнам, в 90-х годах состоялись две войны с Непалом.
Во многом эти походы, хотя и соответствовали уже сложившимся направлениям внешней экспансии Китая, были вызваны происходившими на сопредельных территориях событиями. Так, поход в Тибет и его окончательное подчинение произошли после того, как китайские амбани (наместники) в 1750 г. убили правителя Тибета Чжурмэднамчжала, стремившегося ликвидировать китайский сюзеренитет, что, в свою очередь, привело к восстанию в Лхасе и гибели большей части находившихся там китайских чиновников, военнослужащих и торговцев. Поход в Джунгарию в 1755 г. был предпринят во многом по инициативе Амурсаны — одного из джунгарских аристократов, потерпевших поражение в борьбе за власть и перешедших на сторону Китая. После того как через несколько месяцев страна была завоевана, ханский престол перестал существовать и джунгарские земли были разделены на четыре удела, во главе одного из которых был поставлен Амурсана. Недовольный этим обстоятельством и претендовавший на власть над всей Джунгарией, он поднял восстание, для подавления которого Пекин в начале 1756 г. предпринял новый поход. В следующем году в Джунгарии опять началось восстание, которое вновь потерпело поражение. При его подавлении в первой половине 1757 г. были приняты указы, по которым вначале уничтожались джунгарские аристократы, выступившие против Китая, а затем и их подданные. Эти действия, вместе с эпидемией чумы, привели к гибели большей части джунгаров; кроме того, часть их ушла на казахские земли и в Россию (по оценке китайского историка Вэй Юаня, Джунгария потеряла тогда 90 % своего населения). Амурсана также бежал в Россию, некоторое время скрывался под Тобольском и вел переговоры с российскими властями, однако уже в сентябре того же года умер от оспы. После бегства Амурсаны по поводу его выдачи возникла длительная переписка между российским Сенатом и китайской Палатой по делам вассальных территорий. В результате было решено перевезти тело умершего на границу в Кяхту, где его осмотрели специально присланные китайские чиновники, которые хотели убедиться, что враг императора мертв.
После получения известия о смерти Амурсаны китайские власти приступили к организации экспедиции в Кашгарию. Фактически основной политической силой там был суфийский орден накшбандие-ходжаган, разделившийся на два течения: белогорцы (ишкия) и черногорцы (исхакия). В июне 1755 г. в ходе джунгарского похода были освобождены два белогорских ходжи — братья Бурхан ад-Дин-ходжа и Хан-ходжа, находившиеся в столице Джунгарского ханства в качестве заложников. Они предложили китайским силам свое содействие в установлении власти на Кашгарией. В конце 1755 — начале 1756 г. Бурхан ад-Дин-ходжа одержал победу над черногорцами и установил контроль над Кашгаром и Яркендом. При этом Хан-ходжа был оставлен китайскими властями в Или. После восстания Амурсаны он уговорил брата летом 1757 г. выступить против Китая.
Вначале Цяньлун недооценил боевые качества жителей этих мест, и китайские войска действовали достаточно неудачно, а при попытке взять Яркенд в конце 1758 г. на три месяца попали в окружение. Однако затем подошло подкрепление и через несколько месяцев Кашгария была завоевана. Бурхан ад-Дин-ходжа и его брат бежали в Бадахшан. Цинские власти потребовали от бадахшанского правителя Султан-шаха выдать их Китаю. Братья были убиты, а голова одного из них и тело другого были отправлены в Пекин. Кашгария и Джунгария перешли под контроль местной знати и китайских чиновников, с 1762 г. подчиненных китайскому военному губернатору в Или.
Завоевание Джунгарии и Кашгарии вместе с установлением власти Пекина над Тибетом стало главным событием в военной и внешнеполитической истории Китая XVIII в. Оно привело к ликвидации Джунгарского государства, которое было его основным противником в борьбе за влияние на Халху, Турфан и Тибет, к колоссальному увеличению территории Цинской империи, а также к ее выходу на новые рубежи. Китай стал граничить с Б дахшаном, Кокандским ханством, Старшим и Средним казахскими жузами и с Россией в районе Алтая.
