По существовавшей в то время методике все курганы раскапывались «колодцем» диаметром от 3 до 10 метров. Этого было явно недостаточно для полного исследования насыпей. Но к чести автора следует признать, что он сам отметил допущенные ошибки, сделав совершенно правильный вывод, что «величина колодцев была слишком мала сравнительно с величиной самих курганов» и, вероятно, были раскопаны только их «самые центры». Очень ценным является и его замечание о том, что курганы необходимо исследовать полностью «или, по крайней мере, на три четверти площади основания». Однако сам Ф. И. Кнауэр продолжал копать курганы «колодцем». В четырех насыпях у села Сарата профессор обнаружил погребения средневековых кочевников с лошадьми, а в двух — захоронение эпохи бронзы. Закончив раскопки, автор отметил, что курганы являются «семейными усыпальницами» и некоторые имеют «гуннское происхождение», оговорив все же, что данное заключение является предварительным.
В 1891 году Ф. И. Кнауэр продолжил раскопки, исследовав «двойной курган» у села Павловка Аккерманского уезда. На самом деле он раскопал три кургана — две насыпи, соединенные валом, который оказался третьим курганом. Здесь он обнаружил около 30 разновременных захоронений. Новые материалы позволили ему пересмотреть ранее сделанные выводы и прийти к правильному заключению, что курганы, в которых найдены костяные или каменные орудия, «либо целиком каменного века, либо находятся на рубеже каменного и бронзового веков». Указанием на сложную стратиграфию исследованных насыпей является замечание, что «скелеты были расположены этажами». Это одно из первых научных заключений о планировке и строительных горизонтах курганных насыпей. В то же время публикация самих находок крайне лаконична и по ней нельзя получить четкого представления о раскопанных комплексах. Но во второй половине XIX века археология все же сделала качественный скачок в объяснении происхождения курганов.
После трехлетних раскопок Ф. И. Кнауэр пришел к выводу, что в обнаруженных им курганах «можно различить погребения трех эпох: эпохи каменного века и начала бронзового, скифского и начала переселения народов». Относительно низкий уровень проведенных раскопок тем не менее не помешал ему сказать свое слово в археологической науке.
Одновременно с началом научной деятельности продолжаются работы по составлению археологической карты Северо-Западного Причерноморья. В 1888 году нумизмат П. О. Бурачков, один из известных знатоков прошлого Бессарабии, издал археологическую карту Новороссийской губернии и Крыма, поместив описание находок из 25 пунктов. В карту вошел и Тираспольский уезд Херсонской губернии, из которого было нанесено 18 пунктов.
В 1894 году вышла в свет крупная статья преподавателя Елизаветградского реального училища, действительного члена Одесского общества истории и древностей В. Н. Ястребова «Опыт топографического обозрения древностей Херсонской губернии». Эта работа, опубликованная в «Записках Одесского общества истории и древностей», до сих пор не потеряла своего научного значения, поэтому на ней следует остановиться более подробно.
В конце XIX века Московское археологическое общество начало гигантскую работу по составлению археологической карты страны. Для этого оно обратилось к губернаторам, священникам и директорам народных училищ с просьбой разослать подведомственным учреждениям и частным лицам программу общества. В ней предлагалось доставлять сведения об известных им древностях. В ответ на эту просьбу чиновниками Херсонской губернии было составлено две метрики. Приняв на себя обработку археологического материала, В. Н. Ястребов отнесся к работе с большим энтузиазмом и признал представленные по губернии материалы «недостаточно полными». В результате он начал собирать информацию непосредственно «из первых рук», печатая программу в местных периодических изданиях и лично обращаясь к жителям с просьбой о сообщении данных. Он настолько серьезно подошел к составлению карты, что использовал все имеющиеся у него возможности, а не ограничился присланной из Москвы программой.
Полученный материал В. Н. Ястребов систематизировал и разделил по категориям на 11 глав, каждая из которых была посвящена определенному виду древностей: оружию и орудиям, монетам, менгирам и каменным бабам, мастерским и копям, пещерам, дольменам, валам, городищам и селищам. Неудивительно, что самая крупная и представительная глава описывала курганы. В ее начале В. Н. Ястребов указал свою цель: «Богатство южнорусской земли памятниками древности, особенно курганами, так велико, а количество затраченных на их изучение сил все-таки так неизмеримо мало, что мы не смеем претендовать на окончательную полноту предлагаемого обозрения древностей… и будем считать себя счастливыми, если труд наш послужит полезным руководством для систематических и коллективных исследований».
