Территория станции находится непосредственно в полосе водораздела бассейнов Ловати и Западной Двины, издревле служившего важнейшим культурным мостом между Восточной Прибалтикой и Скандинавией, с одной стороны, и центром и югом Русской равнины, с другой. Свидетельством тому являются открытые здесь археологами и торопецкими краеведами, расположенные на малом пространстве мощные городища-крепости раннего железного века (I тыс. до н. э. – I тыс. н. э.). У деревень Косилово, Некрашово и Чистое, по берегам лесных озер возвышаются многочисленные древнерусские курганные могильники.
Здесь проходил волоковой участок знаменитого пути «из варяг в греки». Позднее эти места стали средоточиями хозяйственной жизни русского крестьянства, торговыми перекрестками, центрами дворянской усадебной культуры и православной духовности.
Уже в начальную пору деятельности биостанции выяснилось, что загрязненность здешних мест промышленными отходами – минимальная в Европе, а вода в озерах является питьевой. Загадочный, завораживающий ландшафт! Дремучие ельники с непролазными ветроломами перемежаются светлыми березовыми рощами, а на песчаных гривах шумят звонкие, пронизанные солнцем сосновые боры. В низинах расстелились клюквенные болота, а голубые окна бесчисленных озер связаны тонкими ниточками ручьев и речек.
Название озера Чистое, с его удивительно светлой и прозрачной до глубины водой, а также благоприятное состояние окружающей среды дали название биостанции – «Чистый лес». Здесь поселились и работают многие годы ученые-зоологи супруги Светлана и Валентин Пажетновы. Прежде они занимались изучением биологии бурого медведя в заповеднике – на особо охраняемой территории. А на биостанции они продолжили эту работу, изучая теперь экологию медведей на территории, используемой человеком в обычной хозяйственной деятельности. Вскоре к этой работе подключился их сын Сергей, также зоолог, переехавший в Бубоницы со своей семьей.
Бурый медведь – самый крупный лесной хищный зверь на Земле, с удивительной судьбой, которую ему определила Природа. Взрослые медведи живут поодиночке. Лишь в период недолгих медвежьих свадеб самцы находят себе подругу, которая нередко сама выбирает себе партнера. Питаются медведи, в основном, растительностью. Не упуская редкой удачи поохотиться на лося или кабана, довольствуются обычно лесной мелочью: насекомыми и мышами. Не брезгуют падалью, изредка нападают на домашний скот.
С весны до поздней осени кочуют медведи по лесу, придерживаясь знакомых мест, а зимой спят в берлогах. В самую стужу, в середине января, медведица рожает медвежат, вес которых едва достигает 500 граммов. Выкармливает их до весны и в апреле выводит на Божий свет. Она водит детей по лесу до полутора лет, ревностно охраняя медвежат от всевозможных опасностей.
Медведи – звери чуткие, они умело прячутся от посторонних глаз, и увидеть их удается очень редко. Чтобы лучше узнать о поведении бурого медведя, Валентин Пажетнов взял в марте 1975 года трех медвежат-сирот и в течение двух лет регулярно ходил с ними по лесу, как бы заменяя им мать. Эта работа позволила узнать многое из жизни медвежат в период их подготовки к самостоятельной жизни.
С давних пор ежегодно многие медвежата попадают к людям, когда охотники убивают медведицу в берлоге. Их охотно покупают состоятельные люди или дрессировщики. Ласковые медвежата растут и становятся обузой, требовательными вымогателями. Большинство их погибает в возрасте до двух лет. Остальным уготованы бич дрессировщика, стальная цепь или клетка. Движимые благими намерениями, несведущие люди порой отпускают таких зверей на волю. Но те не могут жить в суровых условиях дикой природы, выходят к людям и вскоре погибают. В редких случаях медвежата-сироты доживают до почтенного возраста, обычно в зоопарках.
Все это, а также интересы науки побудили семью ученых-биологов Пажетновых заняться разработкой и реализацией методики выращивания медвежат-сирот для выпуска их на свободу. Эта работа, начатая еще в заповеднике, продолжилась на биостанции «Чистый лес» и стала основной. С 1990 по 2001 год здесь выращены восемьдесят четыре медвежонка. Специальные условия их содержания не исключают критических ситуаций и даже трагедий. Зарегистрированы случаи нападения на медвежат медведя-самца, волков и бродячих собак, а два медвежонка отравились ядовитыми растениями. Школа выживания у диких животных жестокая, но необходимая, и прошедшие через нее животные обретают самостоятельность и жизненные силы, выступая достойными продолжателями своего биологического вида.
Работа с медвежатами-сиротами привела ученых к идее выпуска на свободу также медвежат, рождающихся в зоопарках, после специальной передержки их на биостанции. Этот проект успешно реализован в содружестве с Казанским зооботсадом (Татарстан). Первые два медвежонка, поступившие из зоопарка, выпущены Пажетновыми в 1994 году в охранной зоне Центрально-лесного заповедника, а четыре других в более поздние сроки – в заповедник «Брянский лес». Все они успешно прижились в природе.