20 ноября 1948 года Политбюро приняло постановление о роспуске ЕАК. Был также закрыт Еврейский театр, другие еврейские культурные учреждения и органы печати. В конце 1948 — начале 1949 года были арестованы почти все члены комитета, которых судили в 1952 году в рамках закрытого процесса, а также ряд других евреев из числа деятелей науки, культуры и номенклатурных руководителей среднего звена.
Следователям удалось быстро получить требуемые показания от секретаря ЕАК Фефера, на которых и строилось все обвинение. Но следствие затянулось на три с лишним года. Дело, вероятно, было в том, что наверху никак не могли выработать сценарий будущего процесса, к тому же в июле 1951 года был арестован Абакумов, в связи с чем сменилась команда следователей. Кроме того, некоторые подследственные так и не признали своей вины.
Обвинения были просто смехотворны. Пересылавшиеся за границу пропагандистские материалы, в том числе и предназначенные для знаменитой «Черной книги» о геноциде против евреев, выдавались за шпионские сведения, а частные разговоры о растущих проявлениях антисемитизма в СССР и о возможности формирования еврейской дивизии для участия в Великой Отечественной войне, а затем — для борьбы с арабами в Палестине, — за антисоветскую деятельность.
Процесс сделали закрытым: открытое судебное заседание имело смысл только в том случае, если бы удалось убедить в виновности членов ЕАК хотя бы часть мировой общественности. Еще до начала суда, 3 апреля 1952 года, новый глава МГБ Сергей Игнатьев представил Сталину проект приговора. Всех подсудимых предлагалось расстрелять, кроме крупного физиолога академика Лины Штерн. Ее планировалось сослать на десять лет. Сталин приговор утвердил, снизив срок ссылки Штерн до пяти лет.
На суде не признали себя виновными Лозовский, Ши-милиович, Брегман и Маркиш. Последний, впрочем, поддержал обвинения против других членов ЕАК в национализме и антисоветской деятельности, напомнив, что еще
в 1944 году подал донос в парторганизацию Совинформбюро о националистической и контрреволюционной деятельности руководства ЕАК. Но это его не спасло, равно как и активно сотрудничавшего со следствием и судом Фефера.
Процессы над еврейскими «буржуазными националистами» призваны были помочь утверждению русского имперского сознания, которое Сталин рассчитывал использовать для укрепления своей власти. Кроме того, евреи должны были стать козлами отпущения за все трудности послевоенной жизни. Лишь смерть вождя помешала проведению новых политических процессов.
