В связи с разгромом ЕАК тучи сгустились и над женой Молотова. 10 мая 1948 года П.С. Жемчужину «по состоянию здоровья» освободили от должности начальника Главного управления текстильной и галантерейной промышленности Министерства легкой промышленности РСФСР. А 17 декабря Абакумов представил Сталину протокол допроса З.Г. Гринберга, в котором подследственный впервые упомянул о связях П.С. Жемчужиной с еврейскими националистами. Поскольку обвинения выдвигались против жены члена Политбюро, Сталин приказал, чтобы расследованием вместе с Абакумовым занимался фактический руководитель КПК М.Ф. Шкирятов.
26 декабря на Старой площади прошли очные ставки между Жемчужиной и арестованными членами ЕАК Фе-фером и Зускиным, а также членом правления московской еврейской общины М.С. Слуцким. Супруга Молотова была обвинена в «политически недостойном поведении». В заключении комиссии утверждалось, что Жемчужина «в течение длительного времени., поддерживала знакомства с лицами, которые оказались врагами народа, имела с ними близкие отношенйя, поддерживала их националистические действия и была их советчиком... Вела с ними переговоры, неоднократно встречалась с Михоэлсом, используя свое положение, способствовала передаче... политически вредных, клеветнических заявлений в правительственные органы. Организовала доклад Михоэлса в одном из клубов об Америке, чем способствовала популяризации американских еврейских кругов, которые выступают против Советского Союза. Афишируя свою близкую связь с Михоэлсом, участвовала в его похоронах, проявляла
заботу о его семье и своим разговором с Зускиным об обстоятельствах смерти Михоэлса дала повод националистам распространять провокационные слухи о насильственной его смерти. Игнорируя элементарные нормы поведения члена партии, участвовала в религиозном еврейском обряде в синагоге 14 марта 1945 года, и этот порочащий ее факт стал широким достоянием в еврейских религиозных кругах...».
Припомнили Полине Семеновне и встречи с ее родным братом бизнесменом Самюелем Карпом в Нью-Йорке в 1943 году. Бдительные информаторы зафиксировали и крамольный разговор Михоэлса с Жемчужиной, состоявшийся голодным летом 1946 года. Михоэлс рассказал тогда о жалобах евреев на притеснения на местах и поинтересовался, к кому лучше обратиться в связи с этим, к Маленкову или к Жданову. Жемчужина объяснила несколько наивному другу Соломону:
