В Соловецком монастыре ярко проявился его организаторский талант и практические навыки. Он сделал исключительно много для этого монастыря, в котором в 1546 г. (ему 39 лет) он был поставлен игуменом. В 1566 г. в возрасте 59 лет по настоянию царя Ивана Грозного он был посвящен в сан Московского и всея Руси митрополита, не смотря на его отрицательное отношение к учрежденной царем опричнине. Он был единственным в стране, кто и в роли митрополита не боялся говорить правду, осуждал опричнину, стыдил и обличал царя, призывал его к порядку. Вначале Иван Грозный прислушивался к его критике и советам, а затем потребовал, чтобы митрополит не прекословил его воле. Но митрополит Филипп продолжал говорить правду, публично осуждая жестокости и кровопролитие опричнины, не давал царю благословения. По указанию Ивана Грозного его низвергли с митрополичьей кафедры, предали суду, приговорили к пожизненному заключению в Богоявленский, а затем в Тверской Отрочь-Успенский монастырь, где он провел целый год. Над ним издевались, мучили, унижали, но сломить его дух не мог никто. Мученическое положение низложенного митрополита Филиппа и его достойное поведение в неволе вызывали еще большее уважение к нему народа, все более возмущавшегося действиями царя. По приказу Ивана Грозного 62-летнего митрополита Филиппа задушил опричник Малюта Скуратов. Митрополита Филиппа похоронили в Отрочь-Успенском монастыре близь Твери. В 1591 г. его останки перенесли в Соловецкий монастырь. В 1652 г. он был канонизирован, в том же году его святые мощи были доставлены в Москву, где пребывают до наших дней в Успенском соборе Кремля.
На престольные и другие, особо значимые для этой обители праздники, в том числе, когда в обители совершают крестные ходы и всегда творят праздничные молитвы (14/27 сентября, 15/28 августа, 9/22 января, 3/16 июля, 5/18 октября), сестры для паломников под открытым небом организуют праздничную трапезу. Монастырь особое внимание уделяет милосердию и благотворительности. Из подсобного хозяйства монастыря плоды и ягоды раздают нуждающимся и многодетным семьям.
Вблизи Крестовоздвиженского Иерусалимского монастыря в селе Лукино Домодедовского района большим почитанием пользуется святой источник мученицы Анисии Солунской, пострадавшей за христианскую веру при императоре Максимиане (286–305 гг.).
Крестовоздвиженский Иерусалимский монастырь представляет интерес и как архитектурный комплекс, хотя время не пощадило многие его постройки. Приехав в монастырь, можно увидеть и посетить соборный храм Вознесения Господня (1890–1896 гг.) с приделами Успения Божией Матери и святого Филиппа (Колычев Ф.С.), митрополита Московского (арх. С.В. Крыгин), а также храм Воздвижения Креста Господня (1846–1848 гг., построен на средства владелицы села Лукино А.П. Головиной на месте разобранного в 1834 г. Спасского храма), храм Иерусалимской иконы Божией Матери (1873 г., домовый храм в восточной части двухэтажного корпуса с трапезной и кельями сестер).
Желающие могут увидеть поблизости и историческую церковь Флора и Лавра в селе Старый Ям (или Старофлоровский Ям), откуда берет начало женская богадельня, со временем преобразованная в Крестовоздвиженский Иерусалимский монастырь. Эта церковь сложилась во второй половине ХIХ в. на месте предшествующей в результате двукратной перестройки ее трапезной части. К 1855 г. были сооружены (проект 1852 г., арх. Н.Н. Елагин) новая обширная трапезная и связанная с ней колокольня. Храмовый комплекс достраивали в 1891–1898 гг. уже по более дешевому для реализации проекту (арх. С.В. Крыгин). Это кирпичное здание с деталями из белого камня, стоящее на сводчатых подвалах. Перед нами вариант типа пятиглавого крестово-купольного храма в стиле позднего классицизма. Поражает взор монументальный приземистый четверик храма, который венчают более крупный центральный барабан и угловые барабаны поменьше. Бросается в глаза несоразмерность форм завершения храма его основному объему. Раньше здесь была и колокольня, но ее разобрали. Первоначальные росписи в храме не сохранились, но кое-где на стенах и сводах имеются фрагменты фигур и сюжетных росписей конца 1890-х гг.
