Святитель Макарий именно в Лужецком монастыре приобрел первый опыт религиозного руководства. Своими личными средствами он способствовал развитию Лужеского монастыря, на его денежные вклады в представительных масштабах развернулось в этом монастыре каменное строительство. Его ощутимые успехи в развитии монастыря оценило церковное руководство, и он был поставлен архиепископом Новгородским. Перед отъездом из Лужецкого монастыря на Новгородскую кафедру в 1526 г. святитель Макарий сделал крупный вклад в этот монастырь, на который в 1526–1542 гг. были построены Рождественский собор и трапезная с шатровым Введенским храмом (перестроен во второй половине ХVIII в.) Архиепископ, а затем митрополит Макарий покровительствовал этому монастырю, не случайно, в соборе был устроен придел Макария Египетского, которого он считал своим небесным покровителем. Святитель Макарий мечтал вернуться в Лужецкий монастырь, где хотел окончить свою земную жизнь. В последние годы своей жизни митрополита Макария стали одолевать болезни. Но царь Иван Грозный стал просить его не покидать Московскую митрополию, оставаться действующим митрополитом Московским. Позже митрополит Макарии даже написал письмо царю с изложением повторной просьбы уйти на покой в Лужецкий монастырь. Но царь убедил его и на этот раз во имя блага Церкви, России, оставаться на его посту до конца, что он и сделал. Митрополит Макарий умер в 1563 г. в возрасте 81 года. Он был канонизирован Русской православной церковью.
Митрополит Макарий был ярым сторонником идеи «Москва – третий Рим», которая утверждала выдающуюся и исключительную роль Москвы – столицы огромного, главным образом православного государства – в России, в мире. Москва со второй половины XV в. стала главным мировым центром православия. Византийский герб – двуглавый орел – стал новым гербом Московского государства. Московское княжество объявили преемником Византии. Так эстафета православного первенства перешла к Москве. Положение России во главе с Москвой – которую стали называть третьим Римом – делало исключительным положение первого лица этого главного православного государства в мире. Москва в своем внешнем облике, в ее градостроительной символике должна была олицетворять и подтверждать ее приоритетное положение в православном мире. Создание ансамбля Красной площади с Покровским собором (собор Василия Блаженного) удивительно сильно работало на эту идею. Митрополит Макарий был одним из главных авторов выбора места для строительства Покровского собора. В 1547 г. митрополит Макарий способствовал принятию великим князем московским официального царского титула. Он сам в 1547 г. венчал на царство 17-летнего великого князя Ивана IV, Грозного. Царь советовался с ним по всем важнейшим государственным делам. Авторитет митрополита Макария в глазах царя был высок, между ними не было острых разногласий и конфликтных столкновений.
