Отцу Михаилу пришлось очень скоро на себе испытать отношение советской власти к духовенству. Первый обыск – январь 1918 г. Первый арест – конец августа 1918 г. (впервые на Гороховой в ЧК, затем в Дерябинской тюрьме). Второй арест – октябрь 1918 г. (Выборгская бывшая военная тюрьма). В обосновании написали: «С октября 1917 г. лояльности к советской власти не обнаружил и, как элемент наиболее энергичный и умный из черной кости духовенства, может быть опасным для социалистической революции». Третий арест – в августе 1919 г. Четвертый арест (в Кронштадте) – июнь 1920 г. Им сопутствовали обыски. Аресты батюшка переносил со смирением – не возмущался, не жаловался, не ругал советскую власть, все происходящее он принимал как попущение Божие. «Это Господь так устроил, – писал он, – что нас, священников, сажали по тюрьмам, гоняли по разным северам, югам и востокам. С одной стороны, это было искуплением вины нашей и отцов наших перед народом и перед христианством за многие наши прегрешения перед ними, а с другой стороны, мы необходимы были для заключенных, ибо в тюрьме без священника тяжело». На допросах он всегда держался твердо и мужественно, не скрывал своих взглядов. Так, на вопрос об отношении к власти большевиков он ответил, что он ее признает, поскольку ее попустил Бог, и что «дурные власти посылаются в научение и наказание, что та или иная власть – по заслугам народа».
В 1919 г. протоиерей Чельцов избран председателем Петроградского епархиального совета при митрополите Вениамине. На этом посту он оставался до своего последнего ареста. Первые четыре отсидки подготовили отца Михаила к тяжкому испытанию – аресту 30 мая 1922 г., суду и 40-дневному тюремному заключению в ожидании расстрела. Истинной причиной его ареста была деятельность на посту председателя Епархиального совета и близость к митрополиту Петроградскому Вениамину, обвиненному в организации сопротивления изъятию церковных ценностей в помощь голодающим Поволжья. Тогда на скамье подсудимых вместе с митрополитом Вениамином оказались самые близкие к нему православные священники и миряне – всего 86 человек. Ожидая расстрела 40 дней и ночей, отец Михаил старался как можно больше молиться – служил молебны, панихиды, обедницы, заставил себя прочитать себе «отходную». В последний день ему было объявлено постановление ВЦИК из Москвы о замене расстрела пятью годами тюремного заключения. Впоследствии срок заключения сократили до 1,5 лет. Выйдя на свободу в 1925 г., батюшка стал настоятелем церкви Михаила Архангела в Малой Коломне, в центре Ленинграда, и продолжал преподавание на Высших богословских курсах (профессор по курсам «Догматическое Богословие» и «Новый Завет»). Это было единственное в стране учебное заведение, готовившее священнослужителей. Свои переживания в камере смертника на Шпалерной протоиерей Михаил Чельцов выразительно описал в «Воспоминаниях „смертника“ о пережитом» (М., 2001). Эта книга является ценным историческим источником по «делу митрополита Вениамина» и всех проходящих по нему обвиняемых. Летом 1928 г., в разгар раскола в церкви, протоиерей Чельцов, находясь на даче, написал сочинение «В чем причина церковной разрухи», впервые опубликованное в историческом альманахе «Минувшее» (М., СПб., 1994). Это попытка – с учетом своего собственного опыта и многолетних наблюдений над жизнью архипастырей и всего духовенства Петрограда – разобраться по свежим следам в создавшемся чрезвычайно драматическом положении, когда недавние союзники по борьбе с обновленцами оказались разделенными в вопросе взаимоотношений между церковью и государством. Последствия этого разделения до конца не преодолены и до наших дней.
