Многие из присутствовавших на печальной церемонии предчувствовали, что гибель великого артиста станет прологом к новой национальной трагедии. Театр ненадолго пережил руководителя; 1 декабря 1949 г. он был ликвидирован «в связи с нерентабельностью». Чиновник министерства культуры П. Лебедев, поясняя причины закрытия театра, докладывал секретарю ЦК ВКП(б) Маленкову: «Московский еврейский театр пришел к полному упадку. Репертуар засорен идейно-порочными националистическими пьесами. Театр не ставил пьес советских авторов и классиков русской драмы. В 1948 году шла пьеса „Восстание в гетто“ Маркиша. Восстание евреев в концлагере показали с буржуазных позиций в отрыве от общей борьбы советского народа… Кадры театра засорены людьми, не представляющими художественной ценности и не заслуживающими доверия. Из 55 артистов — 4 коммуниста и 6 комсомольцев».
На год раньше, в ноябре 1948 г. был ликвидирован ЕАК, его руководителей арестовали; Соломона Михоэлса посмертно лишили званий и наград. Следствие в течение четырех лет не смогло выявить каких-либо преступлений, отсюда и нелепые обвинения осужденных: П. Маркиша обвинили в том, что он сообщал американскому журналисту Гольдбергу «о положении в Биробиджане и о настроениях еврейских писателей в Советском Союзе»; Л. Штерн — в передаче американским ученым научного сборника с ее статьей «Проблемы биологии в медицине»; писателя Бергельсона — в обнародовании «сведений о Биробиджане и жизни евреев в СССР». Официальная политика советского руководства коснулась всего еврейского населения. Из подмосковного поселка Давыдково, расположенного вблизи сталинской дачи в Кунцеве, были выселены все евреи. 13 января 1953 г. советские газеты вышли с информационным сообщением о врачах-вредителях, отравивших во время лечения партийных и государственных деятелей и пытавшихся убить самого товарища Сталина. В опубликованном списке большинство «убийц» были известные специалисты врачи-евреи; их назвали агентами преступной еврейской организации «Джойнт». Через неделю были разорваны дипломатические отношения с Израилем. Информация о врачах-убийцах, о преступной деятельности «Джойнта» и фашистах-сионистах пробуждала в людях самые низменные чувства: евреев оскорбляли на улице; в газеты шли письма с требованием немедленной расправы с врачами-преступниками и их родными; люди открыто говорили о выселении евреев из Москвы и крупных городов. Смерть Сталина спасла жизни невинных обвиненных и предотвратила национальную трагедию. 4 апреля 1953 г. было опубликовано краткое сообщение о ложных обвинениях врачей, недопустимых приемах следствия и освобождении заключенных. В результате «недопустимых приемов» два известных врача — профессор М. Б. Коган и профессор Я. Г. Этингер погибли в застенках НКВД. Соломону Михоэлсу посмертно были возвращены все правительственные награды и звания. Трагические события 40–50-х годов остались в памяти города. В августе 1992 г. москвичи открыли мемориальную доску на фасаде дома № 10 на Пречистенке, где с 1943 г. работал Еврейский антифашистский комитет (автор памятника — М. М. Эльман). Мемориальная доска с портретом Соломона Михоэлса установлена на стене бывшего Еврейского, ныне драматического Театра на Малой Бронной.
В 50–70-е годы антисемитская пропаганда переключилась на борьбу с международным сионизмом, и так же как в предыдущие годы, документы, связанные с историей еврейских учреждений, были засекречены в архивах. Русскоязычная еврейская литература дореволюционных лет выдавалась в библиотеках по специальному разрешению. По итогам Всесоюзной переписи населения, в 1959 г. в Москве проживали 239 246 евреев, из них только 20 331 человек признал идиш родным языком.
Советские власти вынуждены были искусственно создавать общественные национальные организации, такие, как, например, Антисионистский комитет советской общественности, допускать проведение национальных культурных программ. В 60–90-е годы в Москве выходил журнал на идише «Советиш геймланд», переиздавали произведения Шолом-Алейхема, П. Маркиша, Л. Квитко; в переполненном зале гостиницы «Советская» и концертном зале Библиотеки им. В. И. Ленина проходили концерты еврейской поэзии и песни. В 1978 г. был создан Биробиджанский Камерный еврейский театр, который обосновался в Москве на Таганской площади. В 1986 г. был открыт московский еврейский драматический театр «Шалом»; его коллективу выделили здание на Варшавском шоссе; в фойе театра находится «репетиционное кресло» Соломона Михоэлса, что символизирует глубокую связь коллектива театра с традицией ГОСЕТа.
