Оправданный перед царем, А.С. Дуров успешно продолжал свою службу. За службу в Астрахани получил «у государева стола шубу, атлас золотный, кубок и придачу к окладу» — было это в конце 1643 г. Участвовал в отражении татарского набега на Тулу, в походе государя в Вязьму в 1654 г. Вместе с князем Н.А. Трубецким был допущен к переписыванию «всяких дел» разжалованного патриарха Никона, состоял в приказах Стрелецком, Большого прихода, Конюшенного и Устюжской чети.
Существует и еще одно обстоятельство Смоленского похода, которое могло быть вменено в вину оборотистому приказному. В опубликованных Н.В. Калачовым «Актах, относящихся до юридического быта древней России» упоминается, что А.С. Дуров «безденежно» купил у некоего Е. Гвоздева вотчину. Продавец в 1634 г. обратился с жалобой к царю, в результате чего сделка была расторгнута, вотчина возвращена прежнему владельцу, и впредь такие «безденежные» купли строго-настрого запрещены.
Смерть А.С. Дурова в 1671 г. положила конец заботам этой семьи о Знаменской церкви, которая оказывается на попечении прихода. Новый обмер земель, производившийся в 1679—1681 гг., ничего нового не дает, из чего можно заключить, что никаких коренных переделок обе церкви за это время не претерпели. Не пострадали они и от большого пожара 1688 г., сохранив свой первоначальный вид, насколько можно судить по регистрации антиминсов, до 1710 г. Расположение их было оговорено в несохранившейся летописи Климентовской церкви. Знаменская находилась на месте позднейшего придела Знамения в нынешнем Преображенском храме, то есть слева от главного престола, Климентовская — на месте позднейшего придела Климента, то есть в правой части трапезной. Та же летопись прямо указывала, что основное богослужение совершалось в Знаменской церкви, тогда как Климентовская использовалась исключительно как кладбищенская — следы древнего погоста и надгробий со стороны Пятницкой улицы сохранялись вплоть до конца 1940-х гг.
1714 г. принес указ Петра I о запрещении строить в Москве, как и повсюду в русском государстве, всякое каменное строение. Нарушение указа каралось возведением виновным в принудительном порядке постройки такого же размера в Петербурге. В действительности Патриаршьим Казенным приказом не было зарегистрировано ни одного нового церковного строительства уже с 1712 г. Исключение составляют несколько церквей, начатых, по-видимому, ранее и потому пользовавшихся правом достройки. Это церковь Казанской Божьей Матери Вознесенского девичьего монастыря, Нерукотворенного Спаса на дворе Строгановых, Благовещения на Тверской и церковь Петра и Павла на Новой Басманной, начатая по благословению митрополита Стефана и указу Петра I в 1705 г. и в 1714 г. близкая к окончанию. Климент в делах Казенного приказа не упоминался.
Отмена петровского запрета последовала только в конце января 1728 г.: «Его императорское величество указал впредь с сего указа в Москве всякое каменное строение, как в Кремле, в Китае, так и в Белом и в Земляном городах, кто как похочет, делать позволить». Прихожане и причт климентовского прихода сразу же стали перед необходимостью немедленного ремонта и перестройки своей обветшалой Знаменской церкви, свод которой грозил падением, а внутреннее устройство было почему-то неудобно для богослужения. В ответ на их прошение Патриарший Казенный приказ запечатал 27 мая 1730 г. указ «О строении Замоскворецкого сорока церкви Знамения Пресвятой Богородицы и Климента папы Римского, что на Ордынцах, попа Симеона Васильева с прихожаны, велено: в той настоящей Знаменской церкви старый свод разобрав поднять в вышину и построить вновь, также и престол в той же церкви сделать посредине алтаря понеже оный престол стоял к одной стороне».
Климентовская церковь к этому времени не меньше нуждалась в ремонте, тем более что была много старше Знаменской и службы в ней не производились — стояла она «без пения». Но приход по своей скудости не мог позаботиться об обеих церквах, и выбор, естественно, пал на требовавшую меньших затрат Знаменскую церковь, в которой и был произведен частичный ремонт. Климентовский приход в это время к числу состоятельных не принадлежал. Приписано было к нему всего 35 дворов и оклад его оставался одним из самых низких в Замоскворечье: кругом причты платили до десяти алтын, с Климента полагалось всего три алтына две деньги. Поэтому и в торжественном церемониале погребения царевны Прасковьи Иоанновны в начале 1730-х гг. климентовским попу с дьяконом было отведено самое последнее место среди священнослужителей их сорока.