Крупные градостроительные работы во всем Московском государстве привели в 1580-х гг. к организации Приказа каменных дел, который ведал заготовкой материалов, организацией рабочей силы, ее распределением, созданием военно-оборонительных сооружений и отдельных зданий государственного и общественного значения.
Зарождающаяся потребность в научной медицине, как и интерес ко всем видам биологических наук, которым отмечен конец XVI и XVII столетий во всей Европе, приводят к появлению Аптекарского приказа. Его делом было разведение лекарственных трав в «аптекарских огородах», поиски новых «целебных произрастаний» — экспедиции за ними под охраной стрелецких частей добирались до границ Китая, «бережение Москвы от моровых поветрий» — эпидемий, наконец испытание на право заниматься в Московском государстве лечебной практикой приезжавших с Запада и местных врачей. К середине XVII в. Москва будет иметь вольнопрактикующего врача на каждой из больших своих улиц, и половину из них составят русские лекари.
Среди приезжих медиков, которые работали и жили тут же в Кремле, были и такие европейские знаменитости, как бывший медик шведского короля, «ученейший», по выражению современников, фон Розенбург или Лаврентий Блюментрост. Последний приехал в Москву вслед за своим пасынком, известным Иоганном Грегори, постановщиком первых драматических спектаклей при дворе Алексея Михайловича в кремлевских дворцах в 1670-х гг.
Приказной службой определялась вся жизнь Ивановской площади. Здесь объявлялись «во всю Ивановскую» царские указы, писались на ходу прошения, совершались наказания батогами и даже казни. «Сидение» дьяков продолжалось по целым дням — с половины восьмого утра до десяти часов вечера. К 1670-м гг. строения Приказов обветшали, и к середине 1680-х гг. было сооружено новое здание Земских приказов, охватившее Ивановскую площадь с южной и юго-восточной сторон. Это было едва ли не самое большое общественно-административное здание Древней Руси. Оно представляло собой ряд как бы самостоятельных объемов, под независимыми друг от друга крышами. Весь ряд объединял общий арочный подклет — всего 28 палат с семью далеко вынесенными крыльями крылец, лестницами и площадками, обращенными к площади. Внешнее убранство палат не отличалось замысловатостью: простые карнизы и несложные треугольные фронтоны над окнами. Простояли Земские приказы почти сто лет и были разобраны только в преддверии строительства баженовского кремлевского дворца.
Была в истории Ивановской площади и еще одна любопытная подробность. Здесь стоял древний собор Николы Гастунского, дьякон которого Иван Федоров стал русским первопечатником. Собор был разобран в одну ночь в 1817 г., чтобы освободить место для военного парада в связи с ожидавшимся приездом в Москву Александра I с гостем — королем прусским. Единственная память о соборе Николы Гастунского — алтарь, перенесенный на третий ярус звонницы Ивана Великого.
С Кремлем книгопечатное дело оказалось связанным и позднее, когда по окончании польско-шведской интервенции сюда привозится из Нижнего Новгорода вместе с обслуживавшим его мастером печатный стан, который работал на дело народного ополчения Минина и Пожарского. Только с окончанием специальных построек в Китай-городе в 1617 г. туда были переведены первоначально расположившиеся в Кремле печатники.
Государственное начало — оно все сильнее заявляет о себе в постройках Кремля.
В июне 1701 г. жертвой страшного пожара становятся почти все его здания. По словам летописца, «и разшелся огнь по всему Кремлю и выгорел царев двор весь без остатку, деревянные хоромы и в каменных все нутры и в подклетах и в погребах запасы... и Ружейная полата с ружьем, и мастерские государевы полаты, и на Тайницких воротах кровля, и набережные государевы полаты, и верхние, и нижние, кои построены в верхнем саду, выгорели». Сам Петр отозвался в одном из писем о размерах бедствия короче и категоричней: «Весь Кремль так выгорел, что не осталось не токмо что инова, но и мостов [деревянных мостовых] по улицам». Тем не менее речи о восстановлении погибших построек не было.
Еще указом 1699 г. в пределах Китай-города, Белого города, тем более Кремля на погорелых местах было разрешено возводить только каменные строения или глиняные мазанки «под камень». Но новый пожар открывал к тому же неожиданную возможность, по крайней мере, частичной перепланировки Кремля, чем Петр I не замедлил воспользоваться. В ноябре 1701 г. последовал указ построить на площади от Никольских до Троицких ворот грандиозное здание «Оружейного дома» — Арсенала. И задуман был Арсенал не как простое хранилище вооружения, а как своеобразный памятник славы и побед русского оружия.