Высота этажей палат Натальи Кирилловны соответствовала этажам Теремного дворца. Над комнатами Петра располагались «верхние чердаки» Натальи Кирилловны. Пол этих помещений был устлан сукном зеленого цвета, а на окнах висели темно-зеленые «завесы». Высота чердаков определялась высотой крыш, а последняя в свою очередь - шириной помещений, которые ею перекрывались. Закономерности устройства кровель над зданиями XVII века (правила соразмерности и соответствия долей у древних плотников) прослежены историками архитектуры. И форма крыш - «шатры» и «бочка» - была восстановлена по аналогии с крышами дворца в Коломенском. Крыши были выкрашены в зеленый цвет и украшены деревянными резными гребнями, а на шатрах красовались «прапора» из белого железа, расписанные красками и золотом. Стеньг деревянных хором были обшиты тесом. В окна палат, украшенные резными наличниками с «гзымсы и каптели», т. е. с карнизами и капителями, были вставлены фигурные «кругчатые» слюдяные окончины с переплетами из белого железа.
Украсить их живописью на слюде было поручено Ивану Салтанову, да так, чтобы «в кругу орла, по углам травы, а написать так, чтобы из хором всквозе видно было, а с надворья в хоромы чтоб не видно было». Множество кусков слюды от рисунчатых наборов было встречено при раскопках.
Размеры окон и дверей каменных этажей оказались в описи 1722 г., а археологические данные позволили представить себе наличники окон и цоколь первого каменного этажа.
Открытые переходы и площадки-гульбища на верхних этажах ограждались деревянными перилами - балясником с точеными балясинами высотой 124 см (для палат их было выточено 1500 штук).
В ансамбле существенную роль играла домовая церковь Петра и Павла, построенная на столбах и сводах нижних этажей в 1694 г. Это была каменная трехапсидная пятиглавая церковь с золочеными главами и резными золочеными крестами (длина ее с трапезной составляла 20 м, ширина 8,5 м, а высота была одинакова с Теремным дворцом). Церковь соединялась переходами с жилыми палатами; переходы были и около церкви, с северной и западной ее сторон.
К востоку от алтаря на кровле подклета была расположена площадка с «висячим садом» (длина ее составляла 18 м, ширина 8 м). На покрытие основы площадки пошло 640 пудов свинца - из него водовзводного дела мастер Галактион Никитин лил доски, покрывал ими своды и прочно их запаивал. На подготовленную таким образом площадку была насыпана просеянная земля слоем 89 см. В саду росли грецкие орехи, плодовые деревья, были грядки и ящики для цветов. К зиме их закрывали рогожами и войлоком. В 1637 г. в сад была проведена вода (проложены трубы) и устроен прудок. Деревянный балясник, ограждавший сад, был раскрашен «черленью» (красной краской). В 1737 г., когда дворец был запущен, здесь оставалось еще 24 яблони и 8 груш.
Под садом и церковью находились Судейская палата (домашняя администрация царицы) и три казенных палаты, где хранилась «казна» (т. е. платье и драгоценные уборы). Вход в Судейскую палату был оформлен порталом и крыльцом, перекрытым шатровой кровлей. Великолепный резной камень и лекальные кирпичи от портала были найдены при раскопках, что позволило полностью восстановить его внешний облик. Декор камня - гроздья винограда, листья аканфа; эти мотивы «фряжской рези» были широко распространены в прикладном искусстве XVII века. В Кремле они близки резьбе, украшающей окна южной стороны Грановитой палаты. Великолепная резьба была ярко раскрашена красной и синей краской.
Самая северная часть здания на реконструкции - начало «портомойных палат» (дворцовой прачечной) и переход к Светличной лестнице, а к югу видны переходы к Теремному дворцу.
В самом нижнем этаже, который выходил лишь на запад (опоры этого яруса оказались в раскопках), жили старцы, «государевы богомольцы», и находилась Мастерская палата царицы. Таковы были нижние, служебные этажи.
Ценинная печь и интерьер
Кроме разнообразных строительных деталей, найденных при раскопках, значительно расширила представление о палатах еще одна интересная коллекция - изразцы. Большинство ценинных - поливных многоцветных - изразцов близки по окраске и сюжетам; они изготовлены в одно и то же время и, похоже, одними и теми же мастерами.