Почти все ведущие немецкие генералы и дипломаты теперь вступили в секретные контакты с англичанами и американцами. У немцев было чем торговаться: они могли согласиться покинуть Милан и другие итальянские города, не поджигая их и не разрушая промышленные предприятия. Кардинал Шустер надеялся спасти Милан от разрушения, договорившись о соглашении между немцами, Муссолини и партизанами. Различные партизанские группы, включая коммунистические бригады гарибальдийцев, были признаны высшим военным командованием союзников и итальянским правительством в Риме. Руководство ими осуществлял Национальный совет Сопротивления, президентом которого Итальянское правительство назначило генерала королевской армии Италии Раффаэле Кадорну, сына главнокомандующего в Первую мировую войну. Национальный совет Сопротивления состоял из представителей коммунистических и некоммунистических партизанских отрядов.
25 апреля Муссолини и Грациани встретились с Кадорной и другими членами Национального совета Сопротивления во дворце кардинала Шустера в Милане. Муссолини спросил, смогут ли Сопротивление и командование союзников гарантировать жизнь ему, его министрам и их семьям, если они все сдадутся. Кадорна ответил, что британский главнокомандующий фельдмаршал сэр Гарольд Александер уже объявил своим солдатам, что с солдатами Итальянской Социалистической Республики Муссолини, если они сдадутся, следует обращаться как с военнопленными. Однако виновные в военных преступлениях будут преданы суду. Кадорна мог пообещать Муссолини только то, что суд будет справедливым.
Муссолини сказал, что не может согласиться на сдачу без консультаций с немецкими союзниками. Тогда ему сообщили, что генерал Вольф уже ведет переговоры с американцами о прекращении военных действий в Италии, не информируя об этом Муссолини. Согласно утверждениям присутствовавших, Муссолини яростно проклял немцев за их предательство. Впрочем, рассказы о разногласиях между Муссолини и немцами часто были очень преувеличенными.
Муссолини заявил Шустеру и Кадорне, что должен обдумать их предложения, и покинул совещание, сказав, что вернется через час. После его ухода прибыли еще некоторые члены Национального совета Сопротивления, социалисты и коммунисты. Они раскритиковали Кадорну за то, что он обещал Муссолини передать его целым и невредимым в руки союзников. Однако Муссолини во дворец Шустера не вернулся. Он решил бежать в Швейцарию. На следующее утро партизаны вошли в Милан и захватили в свои руки контроль над городом.
Муссолини направился в Комо, и 27 апреля вместе с Бомбаччи и другими членами своего правительства присоединился к группировке из двухсот немецких солдат, которые собирались на грузовиках добраться до швейцарской границы. Муссолини сел в последний грузовик, надев для маскировки летный немецкий шлем.
Они подъехали к западной оконечности озера Комо, где около Муссо были остановлены большим отрядом партизан. Командир партизан сказал, что позволит проехать в Швейцарию немцам, но не итальянцам, которые едут с ними. Обыскав грузовики в поисках итальянцев, партизаны нашли Муссолини. Один из них его опознал. Раздались крики: «Мы взяли Муссолини!» Они повезли его и других итальянцев в Донго.
Перед отъездом из Комо Муссолини написал Кларетте Петаччи, что постарается перебраться в Швейцарию с немецкими солдатами, и уговаривал ее тоже попытаться бежать. Она убедила брата Марчелло везти ее на своем «альфа-ромео» вдогонку за немецкой колонной, в которой ехал Муссолини. Их сестре Мириам с новым любовником удалось бежать в Испанию. Марчелло же и Кларетту остановили партизаны, опознали и отвезли в Донго, присоединив к Муссолини и взятым в плен вместе с ним его сотрудникам.
В Донго Муссолини отделили от остальных пленников. Кларетта отказалась его покинуть, поэтому их обоих отвели в Джульяно-ди-Медзегра и посадили под стражу в фермерском доме. Бомбаччи, Марчелло Петаччи и других пленных расстреляли тут же, у озера в Донго. Последними словами Бомбаччи были: «Да здравствует Муссолини! Да здравствует социализм!» Другие видные фашисты, в том числе Фариначчи, были также захвачены в плен и расстреляны партизанами на месте. Прециози и его жена выпрыгнули из окна с пятого этажа, чтобы их не схватили и не отдали на расправу евреям.
Рассказы о том, что происходило с Муссолини в последние часы его жизни, очень противоречивы. Самой достоверной, пожалуй, является официальная версия. Национальный совет Сопротивления постановил, что Муссолини по совокупности содеянного должен быть казнен. Когда Тольятти, находившийся в Риме, услышал, что партизаны захватили в плен Муссолини, он по радио отдал приказ коммунистам — членам Национального совета Сопротивления не допустить, чтобы он попал живым в руки англичан или американцев. Как только личность его будет установлена, он должен сразу же быть казнен. Отношение Тольятти вполне объяснимо: слишком многие английские и американские политики в прошлом восхваляли Муссолини за его рвение в борьбе с коммунизмом.