Сам правитель вместе с семьей и жителями скрылся в горах. Ночью испанцы ворвались в город и устремились к храму. Конкистадоры зажгли факелы и ворвались внутрь. Их глазам предстал длинный ряд мумий в ярких плащах с золотыми украшениями и пластинами на груди. Между ними метался жрец с длинной седой бородой. Бросив факелы, солдаты устремились к мумиям. Начался пожар. Все, что солдаты успели снять с мумий, было вынесено. Жрец предпочел сгореть вместе с дорогими его сердцу реликвиями. Так трагически погиб замечательный памятник культуры муисков. Очевидцы рассказывали потом, что пепелище не остывало в течение нескольких недель. Ведь стены и ограда храма были воздвигнуты из огромных стволов гуайакана, дерева с очень твердой древесиной. Индейцы рубили гуайакан у подножия Кордильер и доставляли его в горы к месту постройки храма. Таковы были первые плоды "знакомства" индейцев с христианской цивилизацией.
Опасаясь, что согамосцы захотят отомстить за гибель священного храма, Кесада отдал приказ возвращаться. Ускоренным маршем под покровом ночи конкистадоры поспешили в обратный путь. Коней гнали впереди, за ними трусцой следовали солдаты. Колонну замыкали индейцы. Они несли на плечах седла и награбленное добро.
Как раз в эти дни в Тунху возвратился капитан Сан-Мартин, посланный Кесадой на разведку северной части плоскогорья. Там в селении Иса в ноги Сан-Мартину бросился индеец, вид которого привел капитана в ужас. Лицо, руки и тело индейца обагряла кровь. Отрубленные левая рука и оба уха висели подвязанные к волосам. Несчастный - это был касик одного из северных племен - взывал к отмщению. Он рассказал испанцам: "До моего народа уже докатились слухи о подвигах сыновей Солнца. Как опытный муж я посоветовал Дуитаме, нашему господину, заключить мир с суачиас и выйти навстречу с дарами, как положено у нас по обычаю. Однако Дуитама жестоко расправился со мной и послал меня передать: такая же судьба ждет пришельцев и всех, кто за ними последует".
Страшась нападения, Кесада направил послов к Дуитаме. Послы предложили индейскому правителю принять покровительство далекого всемогущего властелина, а также позаботиться о спасении своей души, погрязшей в язычестве. Дуитама ответил лицемерным послам, что его мало волнует состояние души, коль скоро тело его в безопасности, и дал Кесаде срок в пять дней, или, как говорили индейцы, в пять солнц, чтобы убраться восвояси.
Однако испанцы навязали Дуитаме сражение около селения Бонса. Здесь впервые конкистадорам оказало сопротивление хорошо организованное и дисциплинированное индейское войско. В его рядах были и воины правителя Согамосо, который жаждал отомстить испанцам за разбойное нападение и разорение храма Солнца. Индейцы сражались отчаянно. Их длинные пики с костяными наконечниками, тяжелые боевые дубинки и маленькие острые стрелы разили без промаха. Вожди в высоких головных уборах бились в самой гуще боя. А вот и знакомая картина: две разряженные мумии. Они восседали на плечах индейцев, перебегавших с одного места боя на другое. Давно умершие прославленные воины продолжали сражаться, воодушевляя соплеменников.
Эта ожесточенная битва чуть не стала для Кесады роковой: он получил оглушительный удар дубинкой по голове и свалился с коня. Могучий индеец, не давая ему опомниться, принялся добивать генерала. Кесаду спас Бальтасар Мальдонадо. Он прорвал кольцо окружения и помог Кесаде забраться на коня.
Однако как ни велики были ярость индейцев и желание победить, но жертв оказалось так много, что Дуитама дал приказ отступить. Разбитый в открытом бою, он переменил тактику. Со своими подданными и воинами Дуитама укрылся на болотистых островах, где завоеватели не могли использовать свою конницу. Вода здесь была по грудь человеку. Днем и ночью испанский лагерь жил в ожидании отчаянных вылазок индейцев. Однажды они чуть не похитили Кесаду из его собственной палатки. Даже лошади, приводившие в трепет соплеменников, не пугали Дуитаму. Пленные индейцы рассказывали, что он грозился обтянуть воинские щиты конскими шкурами, а из зубов испанцев изготовить бусы для своих женщин.
Долгих три года воевал отважный вождь Дуитама с превосходящими силами испанцев, отказываясь от всех предложений мира, богатых даров и райских посулов. Он был единственным правителем муисков, который решился на длительную вооруженную борьбу с завоевателями, чтобы отстоять свободу и независимость своего народа. Только к концу 1540 г. покорилось это северное племя. Немногим позже трагически оборвалась жизнь Дуитамы. В день выплаты дани его сразил наповал испанец Мальдонадо, ударив правителя молотком по голове. Тем самым молотком, которым он расплющивал бесценные золотые украшения перед тем, как превратить их в слитки золота. Несомненно, Дуитама был выдающимся воином, достойно представлявшим индейский мир. Имя его до сих пор носит город в департаменте Бояка.
Наступил 1538 год. Пора было подумать и об основании столицы в завоеванной стране. Кесада долго колебался между Тунхой и Боготой, но его выбор все же пал на Боготу.