Обстоятельства появления Руста в Москве были и остаются загадочными. К примеру, уже тогда стало известно, что при подлёте юного провокатора к столице, на командный пункт Московского округа ПВО поступило указание о внеплановом отключении АСУ РЛС для проведения профилактических работ, что, разумеется, снизило качество обрабатываемой службами ПВО оперативной информации. Как свидетельствовали поступившие в те дни и недели в ЦК документы, таких подозрительных «мелочей» по маршруту неуловимой «Цессны-172» набралось более чем достаточно для серьёзных размышлений и выводов. Однако «охотников» до них в окружении Горбачёва не нашлось. Вместо этого инцидент был использован для проведения в руководстве Вооружённых Сил широкомасштабной кадровой чистки в интересах укрепления позиций Горбачёва.
Сразу же после приземления Руста состоялось заседание Политбюро ЦК КПСС, на котором проводились кадровые изменения в связи с делом нарушителя границы. Было принято решение о смещении со своих постов ряда высших советских военачальников. Итоги этого заседания привели Яковлева в восторженное состояние.
Скрытый от глаз широкой публики политический подтекст возникшей в те дни ситуации заключался в следующем: Горбачёв давно и настойчиво искал повод для смещения с должности министра обороны СССР маршала Соколова. В своё время, после неожиданной кончины в декабре 1984 года министра обороны Устинова, решающую роль в выдвижении Соколова сыграл секретарь ЦК по обороне Романов. Ещё при Андропове, а затем и при Черненко член Политбюро Романов исполнял функции заместителя председателя Совета обороны. Он хорошо знал Соколова со времён, когда будущий маршал командовал Ленинградским ВО, а сам Романов возглавлял Ленинградский обком КПСС. Этого было достаточно, чтобы считать Соколова «человеком Романова».
Как известно, оказавшись в кресле генсека, Горбачёв, никогда в своей жизни не занимавшийся вопросами ВПК и обороны, первым делом отправил в отставку Романова. Затем положил свой ревнивый глаз на Соколова. Надо сказать, что, подобно Яковлеву, Горбачёв также испытывал по отношению к военным некий комплекс. В общении с ними легко раздражался, впадал в менторский тон. С возражениями мнительный честолюбивый генсек мириться, разумеется, не мог. Постоянно подзуживаемый своим ближайшим окружением, в котором Яковлев уже играл важную роль, Горбачёв искал повод для расправы над оппозиционным, как он полагал, руководством Вооружённых Сил СССР. Его-то и доставил ему в урочный час на хвосте своего спортивного самолёта Матиас Руст. Вскоре в Минске проходило Всесоюзное совещание, которое проводило Министерство обороны. На это совещание прибыл и М.С. Горбачёв с женой. Спускаясь по трапу, - а встречать прибыли генералы различных округов и родов войск Министерства обороны, - Раиса Максимовна вдруг заявила: «Михаил Сергеевич, смотри, как много генералов собралось». Горбачёв в своей манере заявил: «Да, слишком много. Надо сокращать».
В результате на заседании Политбюро сам Горбачёв потребовал и были отданы под суд 150 генералов и офицеров СА. По данным американских спецов, внимательно следивших за ситуацией, «под Руста» было смещено не только руководство войск ПВО во главе с маршалом авиации Колдуновым, но и министр обороны маршал Соколов со всеми своими заместителями, начальник Генерального штаба и два его первых заместителя, главнокомандующий и начальник штаба ОВС Варшавского договора, все командующие группами войск (в Германии, Польше, Чехословакии и Венгрии), все командующие флотами и округами. В ряде округов командующие заменялись неоднократно. Волна горбачёвской чистки достигла по меньшей мере уровня командования дивизиями, а возможно, пошла и ещё ниже. Это была большая работа, так что руки «в крови» были, разумеется, не только у Яковлева и Горбачёва, но и у всех членов горбачёвского Политбюро. Но в роли застрельщиков и кураторов чистки выступала, бесспорно, зловещая, мстительная связка Горбачёв-Яковлев.
Подытоживая за кулисами публичного спектакля подлинные итоги «дела Руста», Горбачёв в телефонном разговоре сказал одному из своих ближайших помощников Черняеву (кстати, невероятно амбициозному, злобному, писучему старичку и к тому же махровому предателю): «Теперь умолкнут кликуши насчёт того, что военные в оппозиции к Горбачёву, что они вот-вот его скинут, что он на них всё время только и оглядывается».
Если же посмотреть на всю эту историю с колокольни более высокой, чем политические амбиции ставропольского наполеончика, то станет ясно, что «дело Руста» подвело окончательную черту под длительным историческим периодом, на протяжении которого Советская Армия и её высший генералитет занимали в политической структуре СССР прочное высокое положение. Практически все высшие советские руководители до Горбачёва были так или иначе связаны с армией, являлись её воспитанниками.
