Развитие Кромвеля как генерала стало одной из неожиданностей войны. Он разделил с лордом Фердинандо Фэрфаксом честь победы при Уинсби (11 октября 1643 года). При Марстон-Муре (2 июля 1644 г.) Фэрфакс был разбит, но «Железнобокие» Кромвеля спасли положение. Другие лидеры парламента, графы Эссекс и Манчестер, потерпели поражение или не смогли развить успех; Манчестер откровенно признался в своем нежелании свергать короля. Чтобы избавиться от этих титулованных генералов, Кромвель предложил «Ордонанс о самоотречении» (9 декабря 1644 года), согласно которому все члены парламента должны были сложить с себя командование. Предложение потерпело поражение; оно было возобновлено и принято (3 апреля 1645 года); Эссекс и Манчестер ушли в отставку; сэр Томас Фэрфакс, сын Фердинандо, был назначен главнокомандующим, а вскоре он назначил Кромвеля генерал-лейтенантом, отвечающим за кавалерию. Парламент приказал сформировать армию «нового образца» численностью 22 000 человек. Кромвель взял на себя обязательства по ее подготовке.
До войны у него не было военного опыта, но сила характера, твердость цели и воли, умение играть на религиозных и политических чувствах людей позволили ему воспитать в своих полках уникальную дисциплину и преданность. Пуританская вера сравнялась со спартанской этикой в создании непобедимых солдат. Эти люди не «клялись, как солдаты»; напротив, в их лагере не было слышно клятв, зато было много проповедей и молитв. Они не воровали, не насиловали, но вторгались в церкви, чтобы избавить их от религиозных изображений и «довлатовских» или «папистских» священнослужителей.91 Они кричали от радости или ярости, когда сталкивались с врагом. И они никогда не были побеждены. При Нейсби (14 июня 1645 года), когда роялисты разгромили пехоту сэра Томаса Фэрфакса, Кромвель со своей новой кавалерией превратил поражение в столь полную победу, что король потерял всю свою пехоту, всю артиллерию, половину кавалерии и копии своей переписки, которые были опубликованы, чтобы показать, что он планировал ввести в Англию больше ирландских войск и отменить законы против католиков.
С этого времени дела Карла стремительно ухудшались. Маркиз Монт Роуз, его героический генерал в Шотландии, после многих побед был разбит при Филифоне и бежал на континент. 30 июля 1645 года парламентская армия взяла Бат; 23 августа Руперт сдал Бристоль Фэрфаксу. Король обращался во все стороны за помощью, но тщетно. Под разными предлогами его войска, чувствуя, что их дело безнадежно, переходили на сторону врага. Путем отдельных и хитроумных переговоров он пытался разделить своих врагов — индепендентов от парламента, парламент от шотландцев — и потерпел неудачу. Он уже отправил свою беременную жену через всю враждебную страну, чтобы найти корабль во Францию; теперь он приказал принцу Чарльзу бежать из Англии любыми возможными способами. Сам он, переодетый и с двумя сопровождающими, добрался до севера и сдался шотландцам (5 мая 1646 года). Первая гражданская война была фактически завершена.
Чарльз надеялся, что шотландцы будут относиться к нему как к своему королю, но они предпочли считать его своим пленником. Они предложили ему помощь в возвращении трона, если он подпишет Торжественную лигу и ковенант, делающие пресвитерианскую форму христианства обязательной на всех Британских островах; он отказался. Английский парламент направил к шотландцам в Ньюкасл уполномоченных, предложив принять Карла в качестве короля при условии, что он примет Ковенант, согласится на проскрипцию ведущих роялистов и позволит парламенту контролировать все вооруженные силы и назначать всех высших должностных лиц государства; он отказался. Парламент предложил шотландцам 400 000 фунтов стерлингов для выплаты недоимок и расходов, если они вернутся в Шотландию и выдадут короля английским комиссарам. Шотландский парламент согласился. Он принял деньги не как цену за короля, а как справедливое возмещение своих расходов на войну; Карл, однако, почувствовал, что его обменяли на золото. Он был перевезен в Холмби-Хаус в Нортгемптоншире (январь 1647 года) как пленник английского парламента.
