Над экономическими и политическими распрями, но глубоко укоренившись в них, бушевала религиозная война. Половина памфлетов, которые неслись в эфир, были выпадами пуритан против англиканских епископов и ритуалов, англикан против пуританской строгости и непримиримости, или тех и других против католических заговоров с целью вернуть Англию к папскому повиновению. Джеймс недооценивал интенсивность этой ненависти. Он мечтал о заключении демикордиального союза между пуританами и англиканами и с этой целью созвал их лидеров на конференцию в Хэмптон-Корте () 14 января 1604 года. Он председательствовал, как другой Константин, и поразил обе стороны своей теологической образованностью и умением вести дебаты, но настаивал на «единой доктрине и единой дисциплине, единой религии по существу и обряду».22 и объявил епископат необходимым. Епископ Лондонский считал короля боговдохновенным, «подобного которому не видели со времен Христа»;23 Но пуритане жаловались, что Яков действовал как партизан, а не как судья; в итоге конференция не принесла ничего, кроме неожиданного исторического решения сделать новый перевод Библии. Собор 1604 года издал каноны, требующие от всех священнослужителей соответствия англиканскому богослужению; отказавшиеся подчиниться были уволены, а несколько человек заключены в тюрьму; многие ушли в отставку; некоторые эмигрировали в Голландию или Америку.
Джеймс опозорился, сжег двух унитариев за сомнения в божественности Христа, несмотря на доказательства, которые он им предложил (1612), но отличился тем, что больше никогда не допускал казни за религиозное инакомыслие; это были последние люди, умершие за ересь в Англии. Постепенно, по мере совершенствования светской власти, идея о том, что религиозная терпимость совместима с общественной моралью и национальным единством, пробивала себе дорогу в борьбе с почти всеобщей убежденностью в том, что социальный порядок требует веры и Церкви, которые не подлежат сомнению. В 1614 году в книге Леонарда Бушера «Религиозный мир» утверждалось, что религиозные преследования усиливают инакомыслие, вынуждают к лицемерию и вредят торговле; он напомнил Джеймсу, что «евреи, христиане и турки терпимы в Константинополе и при этом мирны».24 Однако Бушер считал, что людям, чья религия «запятнана изменой» — вероятно, имея в виду тех католиков, которые ставят папу выше короля, — должно быть запрещено проводить собрания и жить в радиусе десяти миль от Лондона.
По большей части Джеймс был терпимым догматиком. Он обидел пуритан, разрешив и поощрив воскресные спортивные состязания при условии, что человек предварительно посетит англиканскую службу. Он был склонен смягчать законы против католиков. Через голову Роберта Сесила и Совета он приостановил действие законов о самоотводе; он разрешил священникам приезжать в страну и читать мессу в частных домах. Он мечтал, в своей свободной и философской манере, примирить католическое и протестантское христианство.25 Но когда католики размножились под этим солнцем, а пуритане осудили его снисходительность, он позволил возобновить, расширить и привести в исполнение елизаветинские антикатолические законы (1604 г.). Отправка кого-либо за границу в католический колледж или семинарию каралась штрафом в сто фунтов стерлингов. Все католические миссионеры были изгнаны, все католические учения запрещены. Лица, пренебрегающие англиканскими службами, штрафовались на двадцать фунтов в месяц; неуплата штрафа влекла за собой конфискацию имущества, недвижимого и личного; весь скот на землях нарушителя, вся его мебель и одежда должны были быть конфискованы в пользу короны.26
