Выступление церковной оппозиции и нескольких сотен знатных лиц из земщины породило острый политический кризис, выход из которого правительство Грозного искало в новых репрессиях. Опираясь на опричное войско, царь жестоко подавил фронду, впервые объединившую все недовольные элементы земщины. По его приказу все челобитчики подверглись аресту и были водворены в тюрьму. После пятидневного дознания опричники учинили над ними суд и расправу. Несколько земских дворян были четвертованы, другим урезали язык1448. Вскоре после казни русские послы сделали в Литве следующее разъяснение насчет этой меры: «а учнут говорите про князя Василия Рыбина и про Карамышева и им (послам. – Р.С.) говорите: государь милостив, а лихих везде казнят: про тех государь сыскал, что они мыслили над государем и над государскою землею лихо, и государь, сыскав по их вине, потому и казнити их велел»1449.
В официальных документах названы имена только двух жертв опричнины. Имена прочих жертв невозможно установить, за одним исключением. Опричники Таубе и Крузе передают, что вместе с князем В. Пронским и И. Карамышевым был казнен К. Бундов (Burdna)1450.
Автор «Истории о великом князе Московском» князь А.М. Курбский знал о массовом выступлении дворян против опричнины. Но его рассказ отличается недостоверностью. По словам Курбского, в один день с князем В. Пронским опричники перебили будто бы до двухсот земских дворян1451. Более достоверен рассказ литовского хрониста А. Гваньини, имевшего возможность уточнить некоторые из данных Шлихтинга. По Шлихтингу, опричники подвергли многих челобитчиков торговой казни1452. Гваньини добавляет, что опричники избили батогами 50 человек1453. Все прочие челобитчики числом более 200–250 человек были освобождены после пятидневного тюремного заключения без всякого наказания1454.
П.А. Садиков первый установил, что все трое казненных в 1566 г. дворян были видными участниками собора, и на этом основании высказал предположение о массовом выступлении против опричнины членов Земского собора1455.
A.А. Зимин признал это предположение вполне обоснованным и подкрепил его указанием на Пискаревский летописец1456. Но П.А. Садиков и А.А. Зимин значительно ослабили свою аргументацию тем, что полностью игнорировали связь между выступлением членов собора и протестом против опричнины Филиппа Колычева и стоявших за его спиной сил. Не подлежит сомнению, что Колычев не мог бы выступить против опричнины и получить затем митрополичью кафедру без поддержки со стороны земской Боярской думы и священного собора. Но именно дума и духовенство играли руководящую роль на Земском соборе. В выступлении против опричнины участвовали царские «придворные», бояре и более трехсот знатных дворян, принадлежавших к наиболее активному политически слою земщины. Именно этот слой руководил деятельностью Земского собора.
На связь между выступлением Филиппа и земской фрондой указывают некоторые современники и очевидцы событий. Опричники Таубе и Крузе утверждали, что дворяне B.Ф. Пронский, И. Карамышев и К. Бундов подверглись казни после выступления Филиппа и в связи с этим выступлением1457. Таубе и Крузе допустили путаницу в своих хронологических выкладках и смешали воедино протесты Филиппа до его избрания и после избрания на митрополию. Но связь событий они уловили, по-видимому, верно.
Филипп прибыл в Москву в тот момент, когда земская оппозиция, объединившая все недовольные элементы земщины, готовилась вручить царю петицию и добиться от него отмены опричнины. Именно благодаря этому обстоятельству соловецкий игумен смог занять твердую позицию в вопросе об опричнине. Выступление Филиппа имело место в ближайшие недели после роспуска Земского собора, поскольку Филипп, во-первых, не присутствовал на соборе, закрывшемся 2 июля, и, во-вторых, уже 20 июля вынужден был отказаться от своих требований1458. Вероятно, в этот же период против опричнины выступили триста знатных лиц из земщины. Трудно представить, чтобы фрондирующие дворяне отправились к царю после открытой капитуляции митрополита и всего духовенства, и так же невероятно, чтобы Филипп мог выдвинуть свои требования после кровавой расправы с фрондерами.
Опричные репрессии испугали высшее духовенство и вынудили Филиппа публично отречься от своих требований. Царь сменил гнев на милость лишь после того, как Колычев полностью согласился с его главным условием, чтобы после избрания в митрополиты Филипп «в опришнину и в царской домовный обиход не вступался», «а митропольи бы не оставлял»1459.
20 июля честолюбивый игумен подписал ограничительную запись, через четыре дня переехал на митрополичий двор, а затем был посвящен в сан митрополита1460.
