Переселение Ф. Колычева в монастырь побудило Грозного и его опричную думу принять окончательное решение о низложении строптивого митрополита. После инцидента в Новодевичьем монастыре царь вновь надолго покинул столицу и уехал в Слободу, где занялся подготовкой суда над Филиппом1666. В августе 1568 г. он обратился с письмом к новгородскому архиепископу Пимену, прося его немедленно выехать в Москву1667. Пимен был вторым после митрополита лицом в церковной иерархии, поэтому именно ему царь поручил подготовить собор, который бы судил Филиппа1668. Чтобы низложить опального митрополита, решено было обвинить его в порочной жизни, преступлениях против христианской морали. Сначала обвинения против Колычева пытались построить на лжесвидетельстве подставного лица, певчего одного из кремлевских соборов. Но из попытки ничего, кроме скандала, не вышло. Тогда царь и его приспешники в среде высшего духовенства решили произвести расследование жизни Филиппа в период его игуменства в Соловецком монастыре. В сентябре 1568 г. в Соловки прибыла духовно-опричная комиссия из Москвы1669. Состав комиссии был специально подобран. В нее входили архиепископ опричного Суздаля Пафнутий и архимандрит Андрониевского монастыря Феодосий, известные своей близостью к опричному двору и враждой к митрополиту1670. В комиссию были включены также член опричной думы боярин кн. В.И. Темкин, незадолго до того вошедший в опричнину, и опричный дьяк Д.М. Пивов. Никто из подлинных вождей опричного правительства не пожелал руководить расследованием. Комиссия завершила следствие далеко не так быстро, как того хотело опричное правительство. Состряпанное ею обвинение оказалось столь шатким и неправдоподобным, что самый авторитетный из членов комиссии епископ Пафнутий отказался его подписать.
Правительство опасалось судить опального митрополита, пока тот располагал поддержкой и сочувствием влиятельных лиц в Боярской думе. Поэтому еще до возвращения опрично-духовной комиссии с Соловков Грозный решил нанести думе давно подготовлявшийся удар.
В течение многих месяцев опричное правительство откладывало расправу с главой земской Боярской думы конюшим И.П. Федоровым вследствие противодействия главы церкви. Разрыв царя с митрополитом ускорил развязку дела. Последние преграды пали.
11 сентября 1568 г. Грозный приказал собрать в парадных покоях Кремлевского дворца Боярскую думу, опричных и земских дворян и многих находившихся в столице служилых людей1671. Сюда же он велел привести осужденного конюшего И.П. Федорова. Судебное разбирательство было заменено коротким фарсом. Иван велел несчастному боярину облечься в царские одежды и взойти на трон, а затем обнажил голову, преклонил колени и обратился к нему с речью. «Ты имеешь то, что искал, к чему стремился, чтобы быть великим князем Московии и занять мое место, – будто бы сказал он, – вот ты ныне великий князь, радуйся теперь и наслаждайся владычеством, которого жаждал»1672. Затем по знаку царя Федоров был убит. Опричники выволокли труп боярина из дворца и бросили в навозную кучу возле Неглинной, на границе между опричниной и земщиной.
Фарс, устроенный в Кремле, показывал, что опричному правительству так и не удалось доказать выдвинутые против конюшего обвинения в государственной измене. Были и другие причины того, что царь не хотел в присутствии Боярской думы и многочисленного дворянства называть имя Старицкого и утверждал, что конюший искал царского престола для себя. Вероятно, Иван не желал компрометировать двоюродного брата, памятуя его донос на конюшего.
После смерти Федорова его вдова Мария Челяднина (по первому мужу княгиня Дорогобужская) была насильственно пострижена в монастырь1673. С ее смертью род Челядниных, занимавший одно из первых мест в среде старомосковского боярства XV–XVI вв., полностью пресекся.
Казнь Федорова не имела характера единичного акта. Опричники произвели расправу со всей оппозицией внутри Боярской думы1674. Казни подверглись те ее члены, которые сочувствовали конюшему Федорову и могли оказать поддержку опальному митрополиту. Опричники произвели казни одновременно в столице и провинциальных городах по заранее составленному списку. В синодике мы находим следующую документальную запись относительно этих расправ: «Отделано: Ивана Петрович Федоров, на Москве отделаны, Михайла Колычев да три сына его: Боулата, Симеона, Миноу. По городам: князь Андрей Катырев, князя Федора Троекуров, Михаила Лыкова с племянником»1675. Согласно свидетельству очевидцев, окольничий М.И. Колычев погиб в Москве в один день с Федоровым, прочие же лица были казнены «по городам»: боярин кн. А.И. Катырев – в Свияжске, кн. Ф.И. Троекуров – в Казани, окольничий М.М. Лыков – в Нарве.
