С большими проволочками духовно-опричная комиссия завершила «обыск» о жизни Филиппа в Соловках. Под действием угроз, обещаний и подкупа несколько соловецких старцев согласились дать необходимые для суда показания. Главным свидетелем против Филиппа выступил один из его учеников, игумен Соловецкого монастыря Паисий1699. За подобное предательство игумену был обещан епископский сан.
Не ранее октября следственная комиссия доставила свидетелей (Паисия и десять других монахов) в Москву1700. Их письменные показания о «скаредных» и «богомерзких» делах Филиппа были зачитаны перед Боярской думой, которая, следуя воле царя, вынесла решение о суде над Филиппом. Это обстоятельство вызвало особое раздражение как Курбского («Кто слыхал зде, – восклицал он, – епископа от мирских судима и испытуема?»), так и авторов «Жития» («не убоялся суда божия, еже царем не подобает святительския вины испытывати, но епископи по правилам судят»)1701.
По «Житию», еще до суда опричный боярин А.Д. Басманов совлек с Филиппа святительский «сан» и в «раздранной» монашеской одежде отвез в Богоявленский монастырь1702. Более правдив в своем рассказе Курбский. По его словам, царь собрал в Богородицком соборе «проклятое сонмище согласников», «скверное соборище», и туда же был приведен для суда Филипп «в святительской одежде»1703. По Курбскому, святительский сан был «ободран» с митрополита уже после соборного суда над ним.
Более подробные сведения о суде над митрополитом сообщают непосредственно очевидцы событий опричники Таубе и Крузе, не скрывавшие симпатий к Филиппу и строго осуждавшие действия царя.
Для суда над Филиппом были созваны Боярская дума, священный собор и, возможно, представители дворянства («представители всех духовных и светских чинов»)1704.
Паисий и другие свидетели «изнесли» перед собором свои «многословные речи» против митрополита1705. Но вызванный из Никольского монастыря Филипп не только отверг все предъявленные ему обвинения, чем вызвал «многое смятение», но будто бы вновь потребовал от царя отменить опричнину. «Престани, благочестивый царю, – будто бы сказал он, – от такового неугодного начинания, вспомяни прежде бывших царей» и т. д.1706 Убедившись в том, что дума и собор послушны воле царя, Филипп попытался прекратить судебное разбирательство. Он впервые объявил о своем отречении и «сложил с себя с… лукавством и проворством свое облачение». Но царь отказался признать отречение Филиппа. Он сказал «духовным чинам, что он не желает, чтобы митрополит так быстро уехал, и он не будет судить его прежде, чем обдумает все хорошенько, поэтому митрополит должен вновь одеть свое облачение»1707.
По указу царя судебное разбирательство продолжалось своим чередом. В конце концов собор признал справедливыми обвинения в «порочной жизни» и принял решение о низложении Филиппа. По свидетельству Новгородской летописи, «на Москве, месяца ноября в 4 день, Филиппа митрополита из святительского сану свергоша на Москве в четверток, и жил в монастыре у Николы у Старого»1708.
Еще во время неудавшейся попытки Филиппа сложить с себя сан до решения собора Грозный просил его одеть свое облачение и заявил о том, что «он решил послушать в великий праздник, в день св. Михаила, его богослужение»1709. Рассказывают, что «митрополит склонился на сильные убеждения духовных чинов и решил служить последнюю службу и потом сложить с себя сан»1710.
Филипп вынужден был служить службу уже после того, как собор вынес над ним приговор, ибо «великий праздник» приходился на 8 ноября 1568 г. Однако такова была воля царя и угодничавшего перед ним духовенства.
В действительности Грозный желал придать низложению Филиппа такую форму, которая бы поразила его недругов и нашла не менее широкий отклик в земщине, чем выступления самого митрополита против опричнины. Он стремился скомпрометировать Филиппа не только перед узким кругом лиц, участвовавших в соборе, но и перед земским дворянством и всем столичным народом.
Во время торжественного богослужения в Кремлевском соборе, проходившем при большом стечении народа, в соборную церковь ворвались опричники. Прервав богослужение, боярин А.Д. Басманов, ко всеобщему замешательству, объявил царский указ о низложении Филиппа и «повеле пред ним и пред всем народом чести ложно составленные книги»1711. После прочтения указа опричники оборвали на митрополите «святительский сан» и в простых санях увезли его из Кремля в Богоявленский монастырь1712.
После низложения опальный митрополит был заключен в «злосмрадную хлевину», на его пропитание отпускалось по 4 алтына в день. Признанный виновным в «скаредных делах», Филипп по церковным законам подлежал сожжению. Однако по ходатайству духовенства казнь была заменена ему вечным заточением в тверской Отроч монастырь. По приезде Филиппа в Тверь для надзора за ним в монастырь был прислан царский пристав С. Кобылин.
