Само совершенствование пограничной службы продолжилось. Так в период 2003–2010 года была проведена реформа пограничной службы и её итогами стали: формирование отделов дознания и административной практики, создание системы мобильных резервов (отделы, отделения мобильных действий) и подразделения специального назначения, осуществлён переход к охране отдельных участков государственной границы преимущественно оперативными силами, средствами и методами, оптимизирована система управления и ресурсного обеспечения пограничных органов, на профессиональную основу переведено их комплектование. Благодаря реформам к 2010 году были сформированы качественно новые пограничные органы, которые могли выполнять не только задачи по защите и охране государственной границы, но и совместно с территориальными органами безопасности противодействовать трансграничной преступности.
С 2012–2021 год проходит Федеральная целевая программа «Государственная граница Российской Федерации», при которой создаются и строятся новые системы пограничной службы в самих регионах России – это комплексы зданий и сооружений пограничных управлений, районных отделов, линейные отделения и заставы, пункты технического наблюдения, объекты береговой охраны. Подобная пограничная инфраструктура была создана в Кабардино-Балкарской Республике, Чеченской Республике, Республике Дагестан, Республике Калмыкия, Республике Алтай и Республике Бурятия, Краснодарском, Хабаровском и Камчатском краях, Ростовской и Оренбургской областях, тем самым правоохранительные органы и ФСБ стали выявлять межрегиональную преступность и контролировать саму приграничную территорию субъектов РФ. Также по целевой программе происходило строительство охраняемых систем и объектов в Камчатском крае, Архангельской, Калининградской и Еврейской автономной областях, в Республике Крым, Ставропольском крае и арктическом регионе Российской Федерации. Успехами в будущем для пограничной службы России станут выявленные нарушения на границах и в самих республиках противозаконные действия: так итогами 2017 года стало борьба с трансграничной преступностью, при которой было изъято из незаконного оборота 237 единиц огнестрельного оружия, более 90 килограммов взрывчатых веществ, свыше 20 тысяч боеприпасов; в сфере борьбы с наркотрафиком из незаконного оборота изъято 575 килограммов наркотических средств, возбуждено 284 уголовных дела и осуждены 193 лица. В 2017–2018 году ФСБ России, совместно с МВД и Росгвардией, пресекли один из каналов поставок огнестрельного оружия из стран Евросоюза: в ходе оперативно-розыскных мероприятий и следственных действий были задержаны контрабандисты, проживающие в Москве, Санкт-Петербурге и Ярославле, у них изъят внушительный арсенал из 380 единиц огнестрельного оружия отечественного и иностранного производства, включая 25 пулемётов, 30 автоматов, 70 пистолетов-пулеметов, 94 карабина, 158 пистолетов и револьверов, 2 противотанковых ружья, а также 45-мм пехотный миномёт, станковый автоматический гранатомёт «АГС-17», 15 ручных осколочных гранат, более 4500 патронов различного калибра. В 2017 году в ходе совместных фильтрационно-проверочных мероприятий выявлено свыше 1,4 тысячи лиц, подозреваемых в причастности к террористической деятельности, 50 иностранных граждан, планировавших выехать транзитом через территорию Российской Федерации в зоны международных конфликтов и задержано более 6,5 тысячи лиц, находившихся в международном и федеральном розыске.
В том же 2017 году ФСБ России, совместно с МВД, пресекли крупный канал контрабанды оружия и взрывчатки из Евросоюза и Украины: по делу проходили 54 человека из 24 субъектов РФ, у которых изъяли более 230 единиц огнестрельного оружия, в том числе 18 пулемётов, 43 автомата, 29 пистолетов-пулемётов, 45 карабинов, винтовок и ружей, 97 пистолетов и револьверов. Именно российско – украинская граница на период 2010-х годов 21 века является зоной оружейной контрабанды, связанная с гражданской войной на Донбассе – только в 2016 году зафиксировано 162 факта задержания оружия, боеприпасов, взрывчатых веществ. По сообщениям самих представителей ФСБ – первым заместителем Директора – руководителем Пограничной службы ФСБ России генералом армии Владимиром Кулишовым, ежегодно пограничными органами пресекается порядка 45 тысяч нарушений режима государственной границы, задерживается от 2,5 до 3 тысяч нарушителей границы.
