В 1997 году на Федеральную пограничную службу ещё были возложены задачи по охране биологических ресурсов и государственному контролю в этой сфере. Помимо этого они ведут основную охрану морских государственных границ. Основными задачами морских пограничников является охрана морских границ России, пресечение незаконного ввоза предметов и запрещённых материалов (оружие, наркотики и тд.) на территорию РФ, а также охранение самой водной акватории от промысла браконьеров и от любых нарушителей охраняемой территории. Основными местами охранения морской границы государства (а также охранение водных биоресурсов) являются акватории Чёрного и Каспийского морей, в Азовском море, на Дальнем Востоке и Севере, все крупные российские реки – Волга, Дон и многие другие, по которым также ещё могут переправляться различные контрабандисты вглубь страны. В истории современной России пограничники водных акваторий неоднократно пресекали нарушения границ. Интересные случаи происходили на российско–литовской границе вдоль реки Неман, где нарушителями границы были контрабандисты-«водолазы», пересекавшие саму акваторию чтобы попасть в Россию. Также на самой границе с Калининградской областью некогда действовала группа «авиамоделистов», которые использовали беспилотные управляемые аппараты для пересечения границы и доставки контрабанды, но в 2014 году были арестованы и прекратили свою деятельность. Также на морских пограничников возлагается борьба с терроризмом. Так в 2015 году президент России Владимир Путин подписал указ «о мерах по совершенствованию государственного управления в области противодействия терроризму» и в соответствии с этим документом в Каспийске, Мурманске, Петропавловске-Камчатском, Симферополе и Южно-Сахалинске создаются оперативные штабы по борьбе с терроризмом. Эти штабы будут планировать также контртеррористические операции в других морских пространствах, в пределах которых Россия осуществляет суверенитет, суверенные права и юрисдикцию, а также на судах, плавающих под государственным флагом РФ. Возглавлять штабы в морских районах будут руководители пограничных органов ФСБ в зонах ответственности, установленных председателем Национального антитеррористического комитета.
В современной России пограничникам уже предстояло защищать морские границы от нарушителей извне. В связи с тем, что в 2018 году СБУ Украины захватило российское рыболовецкое судно «Норд», в Азово-Черноморском территориальном управлении (АЧТУ) была создана спецгруппа для борьбы с украинским пиратством и пресечения захватов российских кораблей соседним государством. В том же 2018 году, 25 ноября, украинские военные моряки провели Керченскую провокацию – без согласования вошли в морские пределы Российской Федерации, а сами катера пошли на прорыв к Керченскому заливу, не реагируя на требования российских пограничников. Украинские военные продолжили свою провокацию, но были остановлены тараном российских катеров – все нарушители были доставлены в Керчь и арестованы за нарушение государственной границы, было арестовано 24 моряка.
Как раз начиная с 2014 года после воссоединения Крыма с Россией, российско–украинская граница стала новым (после российско–таджикской) очагом приграничных нарушений, через границу которую различные украинские националисты и военные спецы пытались проникнуть на Крымский полуостров для совершения диверсий и терактов. В 2014 году была задержана украинская радикальная группа от «Правого сектора» (запрещённая организация в России), готовившая теракты в Крыму, в составе группы которой был украинский режиссёр Олег Сенцов. По версии ФСБ они готовили теракты в Симферополе у Вечного огня и памятника Ленина. В 2016 году ФСБ пресекла попытку диверсии на трассе Симферополь – Ялта. Также в Севастополе были вычислены и арестованы трое украинских диверсантов, что готовили взрывы на электростанции, станциях очистки воды, газораспределительных сетях Крыма. Но самым главным успехом ФСБ стало уничтожение целой подпольной диверсионной агентурной сети Главного управления разведки минобороны Вооружённых сил Украины, при котором был пойман и арестован украинский полковник ВСУ Дмитрий Штыбликов. Несколько раз пресекались попытки попасть диверсантам на полуостров со стороны проливов Перекоп и Сиваш, случались даже перестрелки в таких случаях. В 2016 году подполковник ФСБ Роман Каменев предотвратил теракт, который собирались устроить украинские диверсанты: его группа вступила в бой с нарушителями границы, в ходе чего сам подполковник погиб. Все эти события, мероприятия и готовность среагировать на нарушение говорит о том, что сухопутная и морская граница России бережно находится под защитой и контролем российских воинов–пограничников.
