1 сентября 2004 года чеченскими террористами была захвачена школа ╧ 1 в Беслане. В результате связанных с этим захватом событий погиб 331 человек, в том числе 318 заложников, из которых 186 - дети. Ранения получили 728 заложников и жителей Беслана, а также 55 сотрудников спецназа ФСБ, милиции и военнослужащих.
В 2010 году после периода затишья в Москве вновь произошли террористические акты, имевшие кавказский след: 29 марта смертницы подорвали себя на станциях метро "Лубянка" и "Парк культуры", в результате чего погибли 41 и ранено 88 человек.
24 января 2011 года произошёл террористический акт в аэропорту Домодедово, жертвами которого стали 37 человек, ещё 173 были ранены.
В октябре и декабре 2013 года с участием террористов-смертников произошла серия терактов в Волгограде (взрыв автобуса, взрыв на железнодорожном вокзале и взрыв троллейбуса), следы которых вели к бандподполью на Северном Кавказе.
В 2015 году в фильме "Президент" самыми страшными терактами в России за 15 лет своего правления Путин назвал захват заложников в Беслане и в театральном центре на Дубровке в Москве.
Судебная реформа.
В 2000 году Путиным была создана рабочая группа по совершенствованию законодательства в судебной сфере. В следующем году Путиным были подписаны несколько ключевых законов, направленных на реформирование судебной системы, наиболее важные из которых: "О статусе судей в РФ", "О судебной системе РФ", "О Конституционном суде РФ" и "Об адвокатской деятельности и адвокатуре в РФ". В декабре 2001 года Путин подписал новый Уголовно-процессуальный кодекс РФ. Новый УПК имел ряд принципиальных отличий от старого, в частности дав дополнительные права обвиняемым и потерпевшим. Так, все участники судебного процесса были объединены в две группы - обвинительную и защитную. По новому кодексу, обыск, задержание и арест подозреваемого в совершении какого-либо преступления могут производиться только с санкции суда, а уголовное дело может быть возбуждено только с санкции прокурора. В суде обвиняемого получили возможность защищать не только адвокаты, но также другие лица, в частности, родственники обвиняемых. В июле 2002 года Путин подписал Арбитражный процессуальный кодекс РФ. 14 ноября того же года Путин подписал Гражданский процессуальный кодекс РФ. Согласно кодексу, рассмотрение споров между компаниями теперь находилось только в компетенции арбитражного суда. Таким образом, новый закон исключил возможность "двойной" судебной практики по экономическим спорам, то есть стало невозможно рассмотрение экономических споров одновременно в судах общей юрисдикции и в арбитражных судах по одним и тем же делам. Также была чётко определена подведомственность гражданских дел судам общей юрисдикции. В июне 2007 года Путин подписал закон о создании Следственного комитета при прокуратуре, таким образом, органы следствия были фактически отделены от органов прокуратуры. Позже Следственный комитет Российской Федерации был полностью выделен из состава прокуратуры в самостоятельное федеральное ведомство. 21 июня 2013 года Путин предложил объединить Верховный и Высший арбитражный суд РФ, что потребовало внесения изменений в Конституцию РФ. 6 августа 2014 года новый объединённый Верховный суд РФ начал свою деятельность
Положение СМИ.
Во время президентства Путина его обвиняли в подавлении независимых средств массовой информации. В частности, с ним связывали т. н. дела НТВ и ТВ-6, закрытие ТВС, закрытие независимых газет или смены их собственников. За время президентства Путина было убито несколько журналистов, а Россия в "рейтинге свободности" организации "Репортёры без границ" по состоянию на 2008 г. находилась на 144 месте среди 173 стран, участвующих в рейтинге.
Динамика уровня свободы прессы в России (Freedom House). Для сравнения показаны данные по КНДР и Швеции.
К третьему президентскому сроку Путина, в январе 2013 года, Россия в рейтинге свободы прессы, составленном международной организацией "Репортёры без границ", опустилась на 148-е место из 179 включённых в список стран. Главные причины этого - препятствование объективному освещению демонстраций оппозиции, ужесточение закона о клевете и создание чёрного списка интернет-сайтов.
8 апреля 2013 года подписал закон об ответственности за публикацию нецензурной брани в СМИ, позволяющий закрывать средство массовой информации за неоднократное использование ненормативной лексики. В Союзе журналистов России закон охарактеризовали как "смертную казнь для СМИ".
В декабре 2013 года председатель Общественной палаты Московской области Павел Гусев вынужден был оставить свой пост из-за публикации в "МК" статьи А.Минкина "Милостивый государь", посвящённой помилованию Путиным бизнесмена Михаила Ходорковского. Статья была удалена с сайта газеты, но стала хитом Рунета.
