К началу президентских полномочий Путина в 2000 году за чертой бедности жили 30 % граждан России, к 2013 году доля живущих за чертой бедности сократилась до 11,2 %. Борьбу с бедностью в марте 2013 года провозгласил одной из принципиальных задач. На этом фоне индексация пенсий, произведённая в апреле 2013 года (в среднем на 300 рублей), вызвала недовольство пенсионеров. Так, из Челябинской области пожилые женщины выслали Путину свои прибавки к пенсии с пожеланием "ни в чём себе не отказывать", об этом резонансном событии сообщили радио "Свобода", газета "Труд", ряд информагентств и Интернет-СМИ.
В апреле 2013 года Путин признал, что ситуация в российской экономике, несмотря на высокие цены на энергоносители, ухудшается: снижаются инвестиционная активность и объёмы экспорта, растут безработица и объёмы оттока капитала. Тяжёлым бременем на госбюджет легло начавшееся летом мощное наводнение на Дальнем Востоке, с бедствием подобного масштаба, сказал Путин, Россия никогда в своей истории не сталкивалась..
15 апреля 2013 года соратник и друг Путина, бывший министр финансов РФ Алексей Кудрин признал, что российские власти серьёзно опоздали с экономическими реформами.
6 ноября 2013 года стало известно, что Путин увеличил зарплату депутатов Госдумы до 253 тыс. рублей в месяц. К 2015 году зарплата депутатов увеличена до 360 тысяч рублей в месяц, а руководителям комитетов до 500 тысяч. С 2017года депутатам для выездов в регионы на автотранспорт ежегодно по 700 тысяч и двухмесячный оплачиваемый отпуск. При выходе на пенсию - пенсия в размере 75% от зарплаты.
Через четыре дня после инаугурации Путина, 11 мая 2000 года, прошли обыски в главном офисе холдинга ЗАО "Медиа-мост" - компании Владимира Гусинского, который, по мнению некоторых, осенью 1999 года, во время думской предвыборной кампании, посредством контролируемого им телеканала НТВ поддерживал главных политических противников Путина - блок Юрия Лужкова и Евгения Примакова "Отечество - Вся Россия (блок)" (ОВР) (напротив, гендиректор НТВ Евгений Киселёв утверждал, что такое мнение о роли НТВ есть распространённое заблуждение); 13 июня 2000 года Гусинский был взят под стражу и на три дня помещён в следственный изолятор.
По словам Михаила Горбачёва, 20 июля 2000 года в камере Бутырской тюрьмы министр печати Михаил Лесин предложил арестованному Гусинскому подписать соглашения, включающие сделку - т. н. "секретный протокол ╧ 6" - прекратить уголовное преследование Гусинского в обмен на передачу им акций телекомпании НТВ Газпрому на предложенных условиях. Экс-президент СССР, председатель Общественного совета НТВ Горбачёв оценил этот факт как "вопиющее свидетельство грубого государственного шантажа".
В разгар скандала Лесин заявил о том, что Путин знал о подписанном в Бутырке "протоколе ╧ 6". В мае 2004 года Европейский суд по правам человека, рассмотрев жалобу Гусинского, пришёл к выводу, что "лишение свободы заявителя использовалось в качестве стратегии ведения коммерческих переговоров, и такие институты публичного права, как уголовное преследование и содержание под следствием, не должны использоваться с данной целью". За незаконный арест ЕСПЧ обязал Российскую Федерацию выплатить Гусинскому 88 тысяч евро в качестве компенсации судебных издержек.
Начало третьего президентского срока Путина в 2012 году отмечено усилением его внимания к топливно-энергетическим активам, прежде всего, к нефтяной отрасли. 23 мая 2012 года президентом компании "Роснефть" назначен Игорь Сечин, которого пресса характеризует как одного из ближайших доверенных лиц Путина. 22 октября 2012 года Путину доложено о том, что "Роснефть" выкупает 100 % акций ТНК-BP у консорциума AAR и британской нефтяной компании BP. Общая сумма сделки составила 61 млрд. долл. Путин на встрече с Сечиным назвал сделку "хорошим сигналом для российского и международного рынков", а самого Сечина на саммите АТЭС оценил как "очень эффективного работника". 21 марта 2013 года сделка была завершена, что Путин оценил как очень важный шаг по приватизации госсобственности.
По данным газеты "Ведомости", опубликованным в феврале 2013 года, с президентом "Транснефти" Николаем Токаревым Путин сблизился во время совместной работы в дрезденской резидентуре КГБ.
Во главе Правительства РФ (2008-2012).
8 мая 2008 года, на следующий день после инаугурации Дмитрия Медведева, кандидатура Путина была утверждена Думой на пост председателя правительства России, и был подписан указ о его назначении. 12 мая Путин огласил состав своего нового правительства.
Заместителями Путина в качестве председателя правительства стал ряд руководящих сотрудников из Администрации президента - Игорь Шувалов, Игорь Сечин, Сергей Собянин.
27 мая 2008 года председатель Высшего государственного совета Союзного государства Беларуси и России Александр Лукашенко назначил Путина председателем Совета министров Союзного государства.