Личность Иоанна Филопона (490-570) является характерным примером жизненного пути византийского ученого. Он окончил неоплатоническую школу в Александрии, где был единственным христианином. Отрицание учения неоплатоников о вечности мира привело его к разногласиям с коллегами. Видимо, это стало единственной причиной, по которой ему не дали стать главой школы после смерти предыдущего схоларха.295 В.М. Лурье характеризует Иоанна Филопона как одного из самых ярких мыслителей Средневековья, чье влияние было огромным и в Византии, и в мусульманском мире и среди западных схоластов. Его толкования Аристотеля во многом повлияли на развитие мусульманской философии.296 Иоанну Филопону принадлежит также ряд оригинальных идей в области философии, естественных наук и лингвистики. Также в его трактатах содержится древнейшее описание астролябии. Вопреки Аристотелю, Филопон объяснял движение тел, наличием у предмета «бестелесной движущейся энергии», которая постепенно расходуется на преодоление сопротивления среды. Латинские схоласты XIV века Жан Буридан и Николай Орезм назвали этот запас энергии «импетус». Вполне вероятно, что работы Иоанна Филопона оказали влияние на формирование взглядов Галилея.297
Иоанн Филопон возражает против ряда тезисов философии Аристотеля, например, учения о вечности мира или тезиса, что «природа не терпит пустоты». Сторонники Аристотеля приводили пример неизменности небесных сфер, как доказательство вечности мира. Филопон критикует это учение, утверждая, что небеса состоят из огня, а вовсе не из особого элемента – эфира. Из этого он делает вывод, что небеса могут изменяться.298 Возражает Филопон и против отрицания Аристотелем вакуума. Согласно Аристотелю, тела, падающие в пустоте, приобрели бы бесконечную скорость из-за отсутствия сопротивления. А раз этого мы не наблюдаем, то, заключает Стагирит, и пустоты нет. Византийский ученый возражает, утверждая, что уменьшение скорости движения в среде отнюдь не означает бесконечной скорости до этого: «
Жизненный путь Филопона отчетливо показывает нам византийское отношение к науке и к вере. Хотя он с интересом занимался философией, но в 530 году он оставляет эти занятия, ради более решения более насущных богословских вопросов. Главной целью богословских трудов Филопона было объединение православных и монофизитов. К сожалению, предложенный им выход оказался тупиковым, а его взгляды одинаково неприемлемыми и для тех и для других. Поэтому Иоанн Филопон и его богословские взгляды, получившие название тритеизма, были преданы анафеме на VI Вселенском соборе. Несмотря на это, его комментарии к Аристотелю получили широкое распространение как в Византии, так и в мусульманском мире.
После падения Рима и распада Империи Константинополь становится величайшим интеллектуальным центром христианского мира. Такая ситуация будет сохраняться до XIII века, когда монополия будет нарушена латинскими схоластами. Но и после этого, вплоть до своего падения в 1453 году Константинополь останется крупнейшим центром восточного христианства.
Споры о соотношении веры и разума, актуальные в западной Церкви, на Востоке не имели особого распространения. Ситуация несколько изменилась в IX веке, когда в Константинопольском университете началось активное изучение античного наследия. Труды патриарха Фотия, Михаила Пселла и их последователей способствовали изучению и переписыванию древних рукописей, однако интерес к ним оставался чисто академическим. Академический гуманизм мирно сосуществовал с университетским богословием.
