На долю Ан-12 пришлась наибольшая тяжесть транспортных операций по доставке в Афганистан военных грузов и войск. Вторжение в Афганистан началось 25 декабря 1979 года с переброски воздушного десанта с посадкой на аэродромах Кабула и Баграма. Из 343 самолето-вылетов транспортной авиации 200 выполнено на Ан-12. Этой операцией в Кабуле руководил генерал-полковник И. Д. Гайдаенко, бывший начальник НИИ ВВС.
Война без жертв не бывает, и Ан-12 здесь не исключение. Видимо, первые потери имели место в 1983 году. Один из самолетов сбили в мае в районе Джелалабада, а другой подбили при заходе на посадку в Кандагаре. Самолет сел на полосу, но выкатился за ее пределы, столкнувшись с вертолетом Ми-6. В этом же году на аэродроме Фарах подвергся обстрелу разгружавшийся Ан-12 майора Залетинского. Несмотря на это, члены экипажа, получившие ранения, сумели не только выполнить поставленную задачу, но и, выведя самолет из-под обстрела, перелететь на трех двигателях в Кабул.
Спустя три года, 29 ноября, трагически погиб экипаж капитана Хомутовского из 50-го осап. При отходе от аэродрома Кабул самолет был сбит ракетой «Стингер», находясь на высоте 6400 метров, а сдетонировавший груз боеприпасов привел к гибели не только экипажа, но и пассажиров.
В 1987 году в аэропорту Кабула совершил вынужденную посадку Ан-12, подбитый в районе Гардаза на высоте более 9000 метров. Невзорвавшаяся ракета сорвала более трети обшивки нижней части стабилизатора и вырвала кислородные баллоны в районе кормовой установки.
Ан-12 участвовали в гражданской войне в Югославии, сыграв значительную роль в эвакуации федеральной армии из Боснии, Словении и Хорватии. Использовали Ан-12 и российские миротворцы в составе сил ООН в этом регионе.
22 мая 2001 года на границе Тверской и Смоленской областей разбился военно-транспортный Ан-12 (RA — 11652), унеся жизни шести человек. Ан-12, принадлежавший 226-му отдельному смешанному авиаполку из подмосковной Кубинки, совершал перелет из Ржева в Моршанск. Самолет исчез с экранов радаров через полчаса после взлета.
К концу XX века Ан-12 окончательно вышел из состава ВТА, а его функции перешли к тяжелому ВТС Ил-76МД. Часть машин сдали в аренду авиакомпаниям, а другие передали преимущественно в различные части, где они решают второстепенные задачи, включая касающиеся поддержания боеготовности ВВС. Но бывают и исключения, когда самолеты вместе с экипажами сдают в аренду частным предприятиям. Примером может служить использование Ан-12 для вызывания искусственных осадков в Московском регионе во время различных праздников. При этом власти постоянно твердят о полной безопасности для землян и экологической чистоте. Но на «старуху бывает и проруха», которая дала себя знать 12 июня 2008 года во время празднования Дня России — праздника, которого большинство россиян до сих пор так и не осознали.
В тот день, впрочем, как и прежде, для «осушения» облаков на подступах к столице с самолета Ан-12 сбрасывали не йодистое серебро или замерзшую углекислоту, а цемент, причем самых дешевых сортов. Он тоже активно впитывает в себя влагу в дождевых облаках и вместе с ней выпадает в осадок. Технология здесь простая. «Рабочий», стоя у открытого грузового люка, накалывает мешок с цементом на крюк и с помощью кран-балки отправляет его за борт самолета, летящего со скоростью около 300 км/ч. Надорванный пакет, подхваченный воздушным потоком, разрывается в клочья, обильно посыпая облака его содержимым.
Однако произошло непредвиденное, мешок, до конца не разорвавшись, упал на дачный участок, пробив крышу дома, и нанес хозяевам значительный материальный ущерб. Лишь по счастливой случайности обошлось без жертв…
Тем временем Ан-12 продолжают использовать в этих целях. С 4 по 6 июля 2008 года главком ВВС генерал-полковник А. Зелин выделил девять Ан-12 и один Ил-18, оборудованных по согласованию с заказчиком специальной аппаратурой, и экипажи для улучшения (в случае необходимости) метеоусловий в столице Казахстана. Общее руководство по организации, подготовке и проведению этой работы было возложено на начальника испытательного центра ГЛИЦ им. В. П. Чкалова летчика-испытателя 1-го класса полковника Н. Осыкового.
Воздушные суда после прохождения таможенного досмотра выполнили перелет с подмосковной Чкаловской на аэродром Кустанай (Казахстан).
Для метеозащиты назначены наиболее опытные летчики-испытатели и штурманы-испытатели, парашютисты-испытатели ГЛИЦ, летный состав строевых частей ВВС РФ. На борту самолетов присутствовали специалисты заказчика, которые проверяли исправность и готовность средств воздействия и указывали вероятные районы образования дождевых облаков.
В зависимости от типа облачности и других факторов выбирался вид применяемого реагента. Рубежи воздействия на облачность находятся, как правило, на расстоянии нескольких сотен километров от того места, где требуется обеспечить хорошую погоду. При применении порошкообразного реагента самолет приходит в район на высоте 6000–8000 метров и открывает створки грузового отсека.
