В другой раз подосланный басмачами человек выстрелил в него из ружья в упор в тот момент, когда Соколовский объезжал строй красноармейцев. Но в момент выстрела конь вздыбился и заряд пришелся в ногу. Однако ранение оказалось тяжелым, и Соколовского пришлось отправить в Москву.
В апреле 1938 года Соколовский становится начальником штаба Московского военного округа, а в феврале 1941 года — заместителем начальника Генштаба РККА по организационно-мобилизационным вопросам. В тот момент данное направление было решающим, поскольку в связи с ожидавшимся нападением Германии на Советский Союз Политбюро в марте 1941 года приняло решение о скрытой мобилизации 900 тыс. военнослужащих запаса, чтобы доукомплектовать полки и дивизии, сформированные по сокращенным штатам мирного времени. 13 мая Генштаб распорядился о переброске на запад четырех армейских управлений и дивизий. Они должны были прибыть к новым местам дислокации в период с 10 июня до 3 июля 1941 года. Однако к моменту начала войны из 939 эшелонов с войсками к месту назначения пришли только 83, тогда как 455 находились в пути, а 401 еще не приступал к погрузке.
Тем не менее именно эти дивизии сыграли решающую роль в стабилизации ситуации на смоленском направлении в июле — августе после того, как войска Западного фронта были практически полностью разгромлены в первые дни войны в Белостокском и Минском котлах по вине своего командования во главе с генералом армии Павловым. Под Смоленск были срочно переброшены сформированная в Забайкальском ВО 16-я армия и сформированная в Северо-Кавказском ВО 19-я армия, первоначально прибывшие на Украину, а также сформированная в Орловском ВО 20-я армия. 2 июля командующим войсками Западного направления был назначен Маршал Советского Союза Тимошенко, а начальником штаба — генерал-лейтенант Соколовский. Немцы, уверенные в разгроме главных сил Красной Армии на пути к Москве, внезапно столкнулись с новыми боеспособными соединениями. В течение двух месяцев, с 10 июля по 10 сентября 1941 года, на огромной территории (600–650 км по фронту) развернулось грандиозное Смоленское сражение. В результате прорыва немецких танковых групп 16 июля немцы ворвались в Смоленск, начались уличные бои. 19-я, 20-я и 16-я армии оказались в окружении. 17 июля в штаб Западного фронта прибыл генерал-майор Рокоссовский, которому было поручено нанести контрудар в районе Ярцево. И хотя наступление группы Рокоссовского 18–20 июля было отражено, 23–24 июля начались встречные боевые действия оперативных сил Западного фронта в направлении Смоленска.
28 июля Смоленск был оставлен. Однако группе Рокоссовского удалось возобновить контроль над переправами через Днепр, по которым переправились остатки 16-й и 20-й армий. Немцы в свою очередь вынуждены были перейти к обороне. Лишь 16 сентября, когда близилось к концу сражение за Киев, немецкое командование группы армий «Центр» издало директиву о подготовке операции по захвату Москвы под кодовым названием «Тайфун». В результате, как передал из Токио Рихард Зорге, Япония отказалась от своих планов — ее условием для вступления в войну на стороне Германии был разгром советских войск под Смоленском до конца августа. Но этого не случилось. Поэтому, несмотря на большие потери, Смоленская оборонительная операция сыграла огромную роль в срыве планов немецкого командования по взятию Москвы.
4 октября 1941 года Зорге отправляет еще одну радиограмму, которая оказалась для него последней:
«НАЧАЛЬНИКУ РАЗВЕДУПРАВЛЕНИЯ
ГЕНШТАБА КРАСНОЙ АРМИИ
ТОКИО, 4 октября 1941 года
Радио-телеграф
Только 3000 различных грузовиков и других машин были направлены (речь идет о переброске из Северного Китая в Маньчжурию). 1000 грузовиков перед этим были переброшены из Маньчжурии в Северный Китай. В течение первых недель подготовки выступления против СССР командование Квантунской армии распорядилось призвать 3000 опытных железнодорожников для установления военного сообщения по сибирской магистрали, но теперь это уже отменено. Все это означает, что войны в текущем году не будет».
Это сообщение позволило Сталину снять 17 свежих сибирских дивизий с Дальнего Востока и оперативно перебросить их под Москву, где ситуация становилась критической. В ночь на 28 ноября боевая группа под командованием полковника Хассо фон Мантойфеля захватила неповреждённый мост через канал Москва — Волга и стремительным ударом ворвалась в Яхрому. Между правым флангом 16-й армии Рокоссовского и левым флангом 30-й армии Лелюшенко образовался большой разрыв. 30 ноября немцы захватили Красную Поляну (Лобню) и были уже в 17 км от границы Москвы и в 27 км от Кремля. Ожесточенные бои в районе Ленинградского шоссе и у деревни Крюково вели 8-я гвардейская панфиловская дивизия, 2-й гвардейский кавалерийский корпус генерала Доватора и 1-я гвардейская танковая бригада генерала Катукова, станция Крюково восемь раз переходила из рук в руки. Создалась угроза окружения 16-й армии.
