18 февраля 1909 года в дневнике есть такая запись: «На месте казни установлены постоянные, а не временные виселицы. Обреченных ведут уже отсюда со связанными ремнем руками. Вешают одновременно до трех приговоренных. Когда их больше, вешают троих, остальные тут же ожидают своей очереди и смотрят на казнь товарищей».
А вот как встретил Феликс Эдмундович праздник: «Прошел день 1 Мая. Празднования в этом году не было. А у нас ночью с 1-го на 2-е кого-то повесили. Была чудесная лунная ночь, я долго не мог уснуть. Мы не знали, что недавно был суд и что предстоит казнь. Вдруг в час ночи началось движение на лестнице, ведущей в канцелярию, какое обыкновенно бывает в ночь казни. Пришли жандармы, кто-то из начальства, ксендз; потом за окном прошел отряд солдат, четко отбивая шаг. Все, как обыкновенно. Оказалось, что повесили рабочего-портного по имени Арнольд. Так прошло у нас 1 Мая».
11 июля Дзержинский делает следующую запись: «Во время казни ведется теперь подробный протокол, как вел себя обреченный, записываются его слова, отмечаются стоны и предсмертное хрипение. Делается это с “научной” целью».
16 июля Феликс Эдмундович пишет: «Рогов оставил следующее письмо: “Дорогие товарищи! Я осужден за дела, в которых я не принимал ни малейшего участия. Но какое до этого дело правительству палачей и вешателей? Случилось то, что уже повторялось не раз, то, что встречается на каждом шагу в государственной жизни современной России. Преступление, преступление и преступление. А жертвой этих преступлений является пролетариат, и самые сознательные его сыны. Настоящий момент — момент застоя в нашем движении, и в этот момент я хочу сказать вам несколько слов со своей теперешней трибуны — из камеры смертников: за работу, товарищи! Пора! Давно пора! Пусть совершаемые теперь преступления побудят вас усилить борьбу, которая не может прекратиться. С этой верой я сойду в братскую могилу у крепостного вала. С горячей верой в наше будущее, с верой в нашу победу, с возгласом: “Да здравствует революция! Да здравствует социализм!” Прощайте все, все!”»
Приговоренный к вечному поселению в Сибирь, Дзержинский был сослан в село Тасеевку Енисейской губернии, откуда спустя семь дней после прибытия бежал в конце 1909 года. 23 июня 1911 года у его супруги — Софьи Сигизмундовны, также профессиональной революционерки — в варшавской женской тюрьме «Сербия» родился сын Ян. Однако увиделись они лишь спустя 8 лет — в то время Дзержинский уже был председателем ВЧК. Он встретил семью на перроне, отвез домой, а сам сразу же уехал на службу. Квартирка у Дзержинского состояла из одной комнаты, в которой стояли стол и две кровати…
1 сентября 1912 года Дзержинского вновь арестовывают в Варшаве, судят за побег с поселения и присуждают к трем годам каторги. В 1914 году, после начала Первой мировой войны, его вывозят в Орёл на каторгу, то есть теперь он постоянно закован в кандалы, а затем пересылают в Москву, где в 1916 году судят за партийную работу периода 1910–1912 годов и прибавляют еще 6 лет каторги. Проведя в общей сложности в заключении 11 лет, имея 20-летний стаж нелегальной работы, Феликс Эдмундович выходит на свободу лишь 1 марта 1917 года, после того как Февральская революция смела самодержавие вместе с царем. Однако власть в стране захватили оголтелые либералы и демократы, сформировавшие Временное правительство из представителей правой буржуазии и крупных помещиков, ликвидировавшие спецслужбы в лице Штаба отдельного корпуса жандармов и Департамента полиции, запустившие процессы децентрализации и разложения государственной власти, в том числе и в армии, откуда только с июня по октябрь 1917 года дезертировало более двух миллионов солдат. Стали создаваться сепаратистские движения в Польше, Финляндии, Украине, Закавказье и Сибири, которые стремились выйти из бывшей империи. Октябристы, кадеты и поддерживающие их меньшевики и эсеры бросили страну в лапы криминальной буржуазии и поставили перед угрозой германской оккупации. И лишь после этого на первый план политической борьбы выступили большевики, выражавшие интересы рабочих, крестьян и широких народных масс.
Сергей Герасимович Уралов так вспоминает свою первую встречу с Дзержинским: «День, о котором идет речь, был особенным: в Московский Совет привезли политзаключенных, освобожденных из Бутырской тюрьмы. Среди них был и Феликс Эдмундович Дзержинский. Его высокий рост и тонкие черты болезненно-бледного лица сразу привлекли внимание всех присутствующих. Рукоплескания, бесконечное “ура”, крепкие рукопожатия и объятия друзей, слезы радости сопровождали прибывших, пока они поднимались на второй этаж».