Николо-Перервинский монастырь. Частицу мощей святителя Николая, привезенную из Иерусалима, передали в дар обители 17 февраля 2014 года благотворители монастыря.
Богоявленский кафедральный собор в Елохове. Под Распятием XIX века, рядом с северной стеной храма, хранится металлическая рака с частицей Древа Животворящего Креста Господня, десницей Апостола Андрея Первозванного, главой святителя Иоанна Златоуста, частицами мощей святителя Николая Чудотворца и святителя Петра, митрополита Московского.
Храм Спаса Нерукотворного Образа на Сетуни при Кунцевском кладбище. Хранится икона с частицами мощей святителя Николая Чудотворца.
Храм Архангела Михаила в Тропареве, с крестильным храмом Всемилостивого Спаса.
Церковь Петра и Павла в Ясеневе.
Храм-музей святителя Николая в Толмачах при Третьяковской галерее. По решению руководства Третьяковской галереи сюда для поклонения и молитвенного почитания перенесли ковчег XVIII века с мощами более тридцати святых, в том числе — святителя Николая.
Храм Воскресения Христова в Сокольниках. В храме хранится икона святителя Николая с частицами мощей.
Храм святителя Николая в Старом Ваганькове. В храме хранятся чтимый образ святителя Николая и частица его мощей.
Храм великомученика Георгия Победоносца в Старых Лучниках. Частицу мощей святителя Николая принесли в храм 30 марта 2011 года, где она хранится в мощевике, вставленном в ростовую икону святого.
Храм святителя Николая Мирликийского в Голутвине. Здесь хранят икону святого Николая с частицей его мощей.
Храм святителя Николая в Покровском. В храме хранится ковчег с частицами мощей Николая Чудотворца.
Храм святителя Николая в Хамовниках. Частицу мощей святителя Николая сюда передал на хранение в декабре 2010 года Святейший Патриарх Кирилл. Ее, как сообщалось, привезли из Бари.
Храм Святых Апостолов Петра и Павла в Лефортове. Ковчег с частицей мощей святителя Николая и других святых находится в главном приделе, справа у амвона.
Храм Вознесения Господня на Гороховом Поле. Здесь хранится крест-мощевик с частицей мощей святителя Николая.
Храм святителя Николая на Трех Горах. Здесь хранят реликварий с частицей мощей святого, который выносят из алтаря по воскресным и праздничным дням, а также икону Николая Чудотворца с частицей его мощей (находится в Никольском приделе).
Храм Успения Пресвятой Богородицы в Косине. В храме хранится чтимая икона святителя Николая с частицей его мощей.
Храм преподобных Зосимы и Савватия Соловецких чудотворцев в Гольянове. Частица мощей святителя находится в мощевике, где собраны мощи около ста святых (по левую сторону солеи).
Домовый храм в честь Рождества святителя Николая, Мир Ликийских чудотворца Русского культурно-просветительского фонда святого Василия Великого и компании «Вашъ Финансовый Попечитель». В 2010 году крупная частица была отделена от мощей святителя Николая и находилась в Базилике Святителя Николая в Бари. В 2012 году она была передана благотворительному фонду и помещена в московском храме.
Храм Святителя Николая Мирликийского в Щукине. Частица мощей в иконе святителя Николая, выносится для поклонения еженедельно по четвергам во время пения Акафиста в 19.00.
Храм-часовня Владимирской иконы Божией Матери (Новая Москва, Ватутинки-2). Хранится икона с частичкой мощей святителя Николая Чудотворца.
Николо-Угрешский монастырь (Московская область). В храме при образе Николы Можайского (конец XVI века) содержится частица святых мощей святителя Николая. Их передал в дар монастырю Государственный объединенный музей-заповедник Коломенское-Люблино-Лефортово.
Мужской монастырь Давидова Пустынь (Московская область).
Фонд Святителя Николая Чудотворца (Москва). В благотворительном фонде хранится частица мощей святителя Николая, которая была вручена фонду 24 мая 2002 года настоятелем Базилики Святителя Николая Чудотворца в Бари, о. Джованни Матера. До 2010 года святыня хранилась в одном из московских храмов. После чего, по благословению православных архиереев, она перемещается по всей России в миссионерских целях. Частица мощей находится в особом резном ковчеге, выполненном российскими мастерами православного искусства.
Храм Преображения Господня в Звездном городке (Королев, Московская область). Здесь хранятся: часть деревянной, первоначальной раки святителя Николая, в которую его мощи поместили в Сан-Джорджо по прибытии кораблей из Мир Ликийских и до попадания их в Бари; также хранится частица мощей святителя Николая, которую пожертвовал настоятель храма Прихода Святых Жен-Мироносиц в Венеции.
