Указом Павла I от 8 июля 1799 г. компании было присвоено наименование «состоящей под высочайшим покровительством Российско-Американской компании». В ее монопольное пользование передавались все промыслы и ископаемые на северо-восточном берегу Америки «не токмо выше 55° северной широты, но и за оный далее к югу», где она имела право «занимать открываемые ею земли в российское владение»{987}. С 1800 г. правление компании находилось в Петербурге. На территории Русской Америки был создан ряд постоянных поселений с центром в Ново-Архангельске на о. Баранова (Ситка). При содействии правительства компания организовала в 1804–1840 гг. 25 экспедиций, в том числе 13 кругосветных. Несмотря на то, что организация пушного промысла носила хищнический характер и иногда сопровождалась жестокостью по отношению к местному населению, компания способствовала социально-экономическому развитию края. Ее деятельность приводила к столкновению с интересами Англии и набирающими силы Соединенными Штатами Америки. Конвенция 5 (17) апреля 1824 г. о мореплавании, рыболовстве, торговле и поселениях в Русской Америке (Аляске) носила компромиссный характер, хотя уступки России были более значительны. В течение ближайших 10 лет Россия предоставляла американцам право рыбной ловли в прибрежных водах, относящихся собственно к экономической зоне Российско-Американской компании, и торговли «с природными жителями». Протесты правления компании были отклонены. Численность подведомственного ей населения была невелика. К 1837 г. она составляла 11 022 человека, в основном алеутов и креолов (от смешанных браков), число которых росло особенно быстро. Русских насчитывалось 550 человек (в 1839 г. — 813 человек; максимальное число). Российско-Американская компания не стремилась к увеличению населения, так как рабочих рук хватало, а обеспечение их продовольствием всегда представляло проблему. В результате эпидемии оспы в 1837–1838 гг., несмотря на меры по оспопрививанию, численность населения сократилась до 7470 человек, затем снова возросла до прежнего уровня. Численность даже соседних индейцев-тлинкитов оставалась неизвестной, они считались «совершенно независимыми».
Отношение Николая I к Российско-Американской компании было сдержанным. Он не разделял взгляды декабристов на перспективы торгово-экономической экспансии в бассейне Тихого океана, тем более что многие из «друзей по Четырнадцатому» были связаны с компанией, а К. Ф. Рылеев был правителем ее канцелярии. Известна реплика Николая I при освобождении столоначальника компании Ореста Сомова: «То-то хороша собралась у вас там компания!»{988}Как известно, дом правления компании на Мойке, 72, где находилась служебная квартира Рылеева, стал одним из центров подготовки выступления декабристов.
После истечения срока договора в 1834 году посещения Русской Америки американскими промысловиками и вывоз пушнины продолжались, хотя и незаконно. Торговый российско-американский договор 6 (18) декабря 1832 года зафиксировал принцип наибольшего благоприятствования в торговле; затем он продлевался до 1911 года. Предложение Мексики в 1833 году заключить торговый договор (что позволило бы уравновесить давление США в Калифорнии) было отвергнуто Николаем I. В 1839 году компания оставила форт Росс в Калифорнии, существовавший с 1811 года и приносивший одни убытки. В начале 1848 года Калифорния, где было обнаружено золото, была занята американскими войсками, хотя ее официальное присоединение к федерации состоялось позже.
В 40-х годах пришло понимание значимости компании для страны в целом, хотя официально ее цели оставались чисто коммерческими. В первом параграфе нового устава, утвержденного в 1841 году, говорилось, что компания образована «для промыслов на матерой земле С.-З. Америки и на островах, как Алеутских и Курильских, так и на всей части Северо-Восточного моря»{989}. Недоговоренность исчезла позднее: в проекте устава 1861 года было прямо сказано, что компания организована «для управления российскими колониями в Америке»{990}. Но деятельность компании становилась экономически неэффективной. Основной меховой промысел приходил в упадок, так как американские и английские скупщики предлагали местным жителям за шкурки более высокие цены. Компания не могла бороться с браконьерством и незаконной торговлей. Ее внутренней валютой вместо денег были прямоугольные разного цвета кожаные «марки». Это не создавало возможности для нормального финансового оборота и, по словам современного историка, «приводило к застою в этой далеко отстоящей «конечности» империи и развитию в ней гангренозных явлений»{991}. Хотя компания выполняла отдельные поручения правительства, она все же не стала чисто государственным инструментом подобно британской Ост-Индской компании, лишившейся в 1833 году права на монопольную торговлю с Индией и превратившейся в один из административных органов. Достаточно вспомнить, что за Ост-Индской компанией стояла 250-тысячная английская армия.