Через два года после назначения его на пост премьер-министра Коковцов был смещен. И снова в том был повинен Распутин. Назначая Коковцова министром финансов, царь заявил: "Помните, Владимир Николаевич, что двери этого кабинета всегда открыты для Вас по первому Вашему желанию". Когда Коковцов передал царю текст выступления перед Думой о бюджете на 1907 год, изучив его, император вернул текст, на котором было отпечатано: "Дай Бог, чтобы новая Государственная Дума спокойно вникла в это прекрасное изложение и оценила, какое улучшение достигнуто Нами в такой короткий срок после ниспосланных Нам испытаний". Императрица поначалу тоже была расположена к Коковцову. После назначения его на пост министра финансов, она сказала: "Я хотела Вас видеть только для того, чтобы сказать Вам, что Государь и Я, Мы просим Вас всегда быть с Нами совершенно откровенным и говорить Нам правду, не опасаясь, что она иногда Нам будет неприятна. Поверьте, что даже если это минутно неприятно, то потом Мы же будем благодарны Вам за это".
Однако расположения Александры Федоровны и ее желания услышать правду как не бывало после того, как газеты стали нападать на Распутина. Коковцов понял, что произошло, и даже посочувствовал императрице.
"Я... видел очевидные знаки внимания со стороны самой Императрицы, когда, несомненно с Ее ведома я был назначен Председателем Совета Министров, а затем началась в самой острой форме кампания в Думе и в печати против Распутина... Вместо того, чтобы приказать именем Государя, Коковцов развивает теорию о том, что... нельзя получить в руки способов укрощения печати. Но все резко изменилось разом после посещения меня Распутиным и доклада моего о нем Государю. С этого дня следует считать мое удаление неизбежным, хотя Государь оставался еще два года внешне прежним, милостивым ко мне, - вспоминал Коковцов. - Императрица была глубоко оскорблена тем шумом, который подняла Дума и печать вокруг Распутина и его кажущейся близости ко Двору... На Ее верование в то, что каждому дано искать помощи от Бога там, где он может ее найти, на Ее искание утешения в величайшем горе - неизлечимой болезни Их Наследника, Их единственного сына и продолжателя династии, на Их надежду найти исцеление в чуде, доступном только Богу, совершенно, по Ее понятию, самое грубое нападение, и святость Их домашнего очага сделались предметом пересуд в печати и думской трибуны... Виноват более всех, конечно Председатель Совета Министров... Такой Председатель не может более оставаться на месте; он более не Царский слуга, а слуга всех, кому только угодно выдумывать небылицы на Царскую власть и вмешиваться в домашнюю жизнь Царской семьи".
В отличии от императрицы, царь сохранил доброе отношение к премьеру. Тем не менее 29 января (12 февраля) 1914 года фельдъегерь вручил ему небольшой конверт. В нем находился следующий рескрипт:
"Царское Село. 29-го января 1914 года
Владимир Николаевич!
Не чувство неприязни, а давно и глубоко сознанная Мною необходимость заставляет Меня высказывать Вам, что Мне нужно с Вами расстаться. Делаю это в письменной форме потому, что, не волнуясь, как при разговоре, легче подыскать правильные выражения.
Опыт последних лет вполне убедил Меня, что соединение в одном лице должности Председателя Совета Министров с должностью Министра Финансов или Министра Внутренних Дел неправильно и неудобно в такой стране как Россия.
Кроме того, быстрый ход внутренней жизни и поразительный подъем экономических сил страны требуют самых решительных и серьезных мер, с чем может справиться только свежий человек.
За последние два года Я, к сожалению, не во всем одобрял деятельность финансового ведомства и сознаю, что дальше так продолжаться не может.
Высоко ценю Вашу преданность Мне и крупные заслуги Ваши в деле замечательного усовершенствования государственного кредита России, за что благодарю Вас от всего сердца. Поверьте, что мне грустно расстаться с Вами, Моим докладчиком в течение 10-ти лет, и что Я не забуду своим попечением ни Вас, ни Вашей семьи. Ожидаю Вас в пятницу с последним докладом, как всегда в 11 часов и по старому, как друга.
Искренне уважающий Вас
Николай".
То обстоятельство, что преемником его станет "свежий человек", полный сил для этой работы, в особенности, узнав, что им будет Горемыкин, Коковцова не очень-то утешило. Разумеется, престарелый Горемыкин был иного, чем царь, мнения о собственном предназначении: "Совершенно недоумеваю, зачем я понадобился, ведь я напоминаю старую енотовую шубу, давно уложенную в сундук и засыпанную камфарой... Впрочем, эту шубу так же неожиданно уложат в сундук, как вынули из него".
