1 февраля 1846 года мать Николая Ивановича приехала в Киев, и с этого времени начался для него иной род домашней жизни: бытового комфорта. Вместе с матерью он поселился на Крещатике в доме Сухоставской.
Частыми собеседниками Н. Костомарова в этот период были Н. Гулак, В. Белозерский, А. Маркович и учитель Д. Пильчиков; нередко заходил к Николаю старый профессор бывшего Кременецкого лицея Зенович.
В июне 1846 года после прочтения Костомаровым пробной лекции «Изложение истории русских славян от древнейших времен до образования Гуннского государства» Совет Киевского университета Св. Владимира утверждает его адъюнктом кафедры русской истории. Университетская атмосфера, в которую попал молодой преподаватель, в то время не отличалась симптомами национальной враждебности, которые будут характерны для Киевского университета впоследствии. Они, по замечаниям самого Костомарова, тогда еще были в зародыше или, по крайней мере, не смели проявляться слишком рельефно при зорком контроле со стороны генерал-губернатора Д. Г. Бибикова.
Однажды этот генерал-губернатор на университетском собрании после ухода из зала публики приказал остаться всем профессорам и студентам университета и произнес перед ними грозную и вместе с тем странную речь. Он объявил, что до него дошли слухи о тайных собраниях студентов, дерзающих обсуждать политические вопросы, «и по этому поводу делал угрозы, что если он еще услышит что-либо подобное, то по данному ему от государя праву закроет университет, а виновных сошлет в ссылку». При этом он шутя советовал студентам вместо политических вопросов заниматься лучше женщинами и кутежами, ибо за это он не будет никого преследовать. Эту милую шутку, выраженную, правду сказать, довольно цинично, университетская молодежь приняла вовсе не так сочувственно, как, по-видимому, ожидал оратор; напротив, когда студенты расходились по домам, то между ними слышались замечания о совершенной непристойности такого совета из уст высшего начальника края в стенах высшего учебного заведения.
Тогдашняя политика российских властей, направленная на русификацию края, привела к тому, «что поляки не смели себя называть поляками, а называли себя католиками, что выходило забавно: слово „католик“ в Киевском крае теряло свое повсеместное значение вероисповедания и стало означать как бы какую-то национальность; но, отличая себя католиком, поляк, однако, ни за что бы не назвал себя русским, потому что в этом крае и слово „русский“, наоборот, перешло как бы в значение вероисповедания». Поляки исключительно говорили по-польски и не хотели говорить по-русски; приобретая знание русского языка поневоле в училище, поляк считал как бы нравственной необходимостью поскорее забыть его. Языком интеллигенции и аристократии во всем крае в большинстве случаев был исключительно польский, и даже крестьяне поневоле должны были усваивать его. Но судя по экзаменам, как вступительным, так и переводным, по меткому наблюдению Н. Костомарова, поляки вступали в университет с лучшей подготовкой, чем русские, и это зависело уже не от школьного образования, а от первоначального домашнего.
По воспоминаниям Николая Ивановича, «киевские студенты того времени мало были принимаемы в обществе, за исключением немногих семей сыновей богатых помещиков или влиятельных особ. Между профессорами и студентами мало было примеров товарищеского общения, да и начальство, видимо, не желало его, а поддерживало в профессорах потребность держать себя со студентами начальствующим образом. Были даже примеры, когда профессорам делались замечания, что они обращаются запанибрата со студентами, при этом им указывалось, что этим они роняют свое достоинство». Такое замечание получил и Костомаров вследствие того, что начал приглашать к себе по вечерам студентов, в которых замечал особую склонность к читаемому им предмету. «Причиною тому был господствующий тогда в обществе в целом дух субординации и боязнь возникновения политического вольнодумства, которое, как полагали начальствующие лица, могло появиться у молодежи, близко знакомившейся с духом и идеями своих наставников. Понятно, что при таких натянутых отношениях между профессорами и студентами нельзя было ожидать никакого положительного влияния наставников на учащихся.
Профессор довольствовался тем, что отбарабанил свою лекцию, мало обращая внимания, как легла на душу слушателей эта лекция и что она пробудила в их сердце и уме, а студент считал себя выполнившим свою обязанность тем, что вызубрил записанную им профессорскую лекцию и буквально проговорил ее на экзамене или на репетиции. Таким образом, из этого очерка духа, господствовавшего в университете того времени, даже и при некоторых профессорах, отличавшихся дарованием и преданных науке, не могло возникнуть ничего живого и богатого задатками для будущего».
