В январе 1925 года по истечении кандидатского стажа Кузнецов стал членом ВКП(б). А в октябре по возвращении из отпуска его назначили командиром 1-го отделения 1-го взвода роты «А» первокурсников нового набора. Отметим это обстоятельство. Первая командная должность стала признанием как успехов Кузнецова в учебе, так и его авторитета.
В январе 1925 года председателем Реввоенсовета СССР и наркомом по военным и морским делам становится М. В. Фрунзе. Смена руководства немедленно сказалась и на флоте. Едва приняв должность, Фрунзе сразу же выделил необходимые средства на достройку двух легких крейсеров: в Николаеве — «Червоной Украины», в Ленинграде — «Профинтерна», а также нескольких более мелких кораблей.
В 1924 году по инициативе Фрунзе и с согласия Сталина сторожевой корабль «Воровский» совершил первый в советское время дальний переход из Архангельска до Владивостока южным путем. Через год состоялся учебный поход кораблей Морских сил Балтийского моря от Лужской губы до Кильской бухты. За семь дней корабли прошли 1730 миль. Начались дружественные визиты кораблей европейских государств в порты СССР и ответные советские.
Тогда же приказом Реввоенсовета был создан научно-технический комитет Управления Морских сил РККА. Один за другим в строй входили восстановленные и новые корабли.
Фрунзе сместил с должности начальника ВМС РККА Э. С. Панцержанского, который так и остался чужаком для «красных командиров», и поставил на его место В. И. Зофа (Шановича), прежде — комиссара при начальнике Морских сил. Новый глава являлся типичным «солдатом партии», не имевшим не только военно-морского, но и вообще какого-либо образования. До революции он работал слесарем, в 1917 году помогал Ленину бежать в Разлив. В годы Гражданской войны был комиссаром бригады и дивизии, занимаясь вопросами снабжения. В 1919 году недолгое время входил в Реввоенсовет Балтийского флота, участвовал в подавлении Кронштадтского мятежа.
Фрунзе скончался во время операции всего через девять месяцев после назначения, в октябре 1925 года. Для участия в его похоронах Кузнецова вновь направили в Москву. Вскоре Военно-морскому училищу было присвоено имя второго наркома. Тогда же было введено звание «курсант».
Наконец закончен и последний четвертый курс. В мае 1926 года состоялись государственные экзамены. По их итогам определялось «старшинство» оканчивающих. Право выбора из имеющихся вакантных мест предоставлялось по успеваемости. Однако прежде чем попасть на свой корабль, выпускник направлялся на другой, как правило, однотипный. Это помогало ему освоить материальную часть и «не ударить в грязь лицом» перед старослужащими матросами и старшинами, которыми придется руководить.
С мая по конец сентября Кузнецов отправился в практическое плавание на линкоре «Парижская Коммуна».
Из аттестации на корабельного курсанта Н. Г. Кузнецова:
«Очень способный, общее развитие хорошее. Выдержан. Спокоен. Инициативен. Здоров. Выправка хорошая. Специальная подготовка отличная. Политическая подготовка хорошая. Будет хорошим артиллеристом»[3].
ВМУ имени М. Ф. Фрунзе Кузнецов оканчивает 5 октября 1926 года с отличием и с правом выбора флота. Приказом по РККФ № 5/6 он удостоен звания командира РККФ с зачислением в средний строевой командный состав ВМС РККА.
Поскольку во время предвыпускной стажировки на линкоре Кузнецов проявил себя с самой лучшей стороны, на него приходит запрос, подписанный начальником штаба Морских сил Балтики Л. М. Галлером, с предложением перспективной штабной должности. Командование бригады линкоров также было не прочь заполучить толкового выпускника. Служба на балтийских линкорах считалась тогда очень престижной. Но Кузнецов неожиданно отказался. Почему, так и осталось неизвестным.