Шло время и в истории страны наступили трагические годы - грянула война. Не прошло и двадцати дет мирной, созидательной жизни, как снова на одной шестой части Земли стала проливаться кровь и страна из больших строек частично превратилась в поле сражения. Люди не щадили себя ни на фронте, ни в тылу и все свои силы отдавали во имя победы над врагом. Основным лейтмотивом стало "все для фронта, все для победы", а для художников главной темой стала военная.
Москва переживала самое трудное, небывалое в ее истории время. Враг был буквально на подступах - в районе Волоколамского шоссе и Дмитрова. Обстановка была крайне тяжелой, и многие люди эвакуировались - вместе с предприятиями, учреждениями, музеями, архивами или самостоятельно, по решению спецслужб - в Среднюю Азию, на Урал и в другие места. Николай Степанович, как и многие другие художники, по решению Союза художников был освобожден от мобилизации на фронт и жил с семьей под Москвой, недалеко от Абрамцева, в двухэтажном деревянном доме без отопления. Этот дом был построен в 30-х годах и задуман как летняя дача. Во время войны садовый участок спасал семью от голода. Все же от недоедания Николай Степанович страдал авитаминозом; к тому же он никогда не отличался крепким здоровьем. Война не давала о себе забыть, особенно вначале, когда немцы были под Дмитровым. У них в доме находился штаб военачальников. Отсюда они уезжали прямо на фронт. Здесь же, рядом с домом, находилась ремонтная база военной техники, в основном танков. Железнодорожный мост, что недалеко от их дома, тогда имел важное стратегическое значение - там стояли зенитные установки. Они охраняли мост, по которому проходили поезда с пушками и другой военной техникой из Сибири в Москву, а затем и на фронт. В этом районе недалеко от Загорска (ныне Сергиев Посад) размещался штаб 1-ой ударной армия и находилась крупная группировка войск, формируемых из Резерва Ставки Верховного Главнокомандования. Она сыграла огромную роль в решающие дни битвы за Москву. Обстановка была крайне нервозная, война ощущалась буквально рядом, иногда были слышны артиллерийские разрывы. Был даже такой момент, когда один из военных с ремонтной базы посоветовал семье Николая Степановича на всякий случай собрать вещи и быть готовыми к эвакуации, что и пришлось сделать. Какое-то время жили, как говорится, на мешках. Но когда советские войска стали наступать, а немцы - постепенно отходить, настроение стало лучше. А тогда по вечерам семья Трошина и молодые офицеры, расквартированные у них на даче, собирались все вместе и садились за стол, устраивали чаепитие и беседовали. Темы были разные, но в основном военные. А когда немцы совсем отступили от Москвы, в доме Николая Степановича стали собираться его друзья - художники и скульпторы. Чтобы не забыть свое мастерство, они занимались живописью, рисовали портреты друг друга, пейзажи.
Однажды, когда Николай Степанович был в Загорске, он увидел жуткую картину: мимо Троице-Сергиева монастыря, уникального памятника архитектуры, шли танки. Тяжелое впечатление от увиденного осталось у него на все жизнь. Он сделал тогда несколько набросков, эскизов. Только спустя много лет, в 1970 году, он написал картину под названием "Загорск. На передовую. 1941 год", где чувствовалась боль от войны человека и художника. Сейчас картина находится в частной коллекции в Париже.
Москва переживала трудные дни. Голод, холод, грабежи магазинов. Пятнадцатого октября 1941 года была сильная паника - над Москвой кружили немецкие самолеты. Они сбрасывали фугасные и зажигательные бомбы. Именно тогда были частично повреждены здания Большого театра и МГУ на Моховой. Но уже активно работала система ПВО - в сумерки в московское небо поднимались аэростаты. Суровой зимой население Москвы строило доты, рыло противотанковые рвы и окопы. Шестого декабря 1941 года нашими войсками был нанесен сокрушительный удар по фашистской армии и наступление немцев было приостановлено - враг был отброшен за канал Москва - Волга. Но обстановка оставалась по-прежнему тяжелой - налеты вражеской авиации продолжались. Из репродукторов раздавался голос Левитана, предупреждающий о воздушной тревоге, и люди прятались в ближайшее бомбоубежище или метро. Окна зданий были закрыты тканью черного цвета, на стеклах - бумажные полоски крест накрест. Часто не было света и в ход шли керосиновые лампы. На крышах домов дежурили, чтобы вовремя сбрасывать зажигательные бомбы. И лишь со временем налеты на Москву прекратились.
Люди верили в победу и своим трудом как могли старались ее приблизить. Искусство становилось агитационным, преобладали плакат, политическая сатира. В витринах магазинов вывешивались плакаты на военную тему. Писатели сотрудничали в массовой армейской печати, огромную роль приобретала массовая песня. Люди слушали по радио классическую и современную поэзию. Как ни было тяжело, но жизнь продолжалась.