С именем Хидэёси связана гибель двух других мощных объединений ниндзя – сингонского монастыря Нэгоро-дэра и союза Сайга. В период междоусобной войны между Хидэёси и Токугавой Иэясу, которая развернулась после гибели Оды Нобунаги, сохэи из Нэгоро вместе с бойцами Сайга встали на сторону Токугавы и ударили в тыл Хидэёси. И допустили роковую ошибку, так как Тоётоми в войне победил.
В отместку за предательский удар в спину в 1585 г. Тоётоми бросил против провинции Кии 25-тысячную карательную армию. В 3-м месяце она блокировала Нэгоро-дэра, в упорнейшем сражении разбила отряды монахов-воинов и предала монастырь огню. В пожаре, бушевавшем трое суток, погибли многие драгоценные творения искусства – сотни статуй, тысячи свитков, замечательные образцы зодчества. Лишь немногим ученым монахам удалось укрыться в Коя-сан – основном центре секты Сингон, а сохэи разбежались по всей стране. А еще через несколько дней, с падением замка Ота, пришел конец и мятежному союзу Сайга.
Многие сохэи из Нэгоро и бойцы из Сайга, подобно уцелевшим ниндзя из Ига, стали поступать на службу к разным даймё по всей Японии. Например, большой отряд Нэгоро-сю во главе с Ивамуробо нанялся к семье Мори. Находившийся в то время в замке Хамамацу Токугава Иэясу тоже решил извлечь пользу из ситуации и пригласил на службу Нэгоро Окаси и еще около 200 монахов-воинов, нашедших убежище в провинции Исэ (по другим источникам, в 1585 г. на службу к Токугаве поступило лишь 16 человек, а на следующий год – еще 25; возможно, здесь идет речь лишь о предводителях сохэев). Монахи из Нэгоро были отправлены в Эдо, где из них был сформирован отряд Нэгоро-гуми из 20 всадников и 100 пехотинцев, вооруженных мушкетами. Его командиром стал Нарусэ Хаято Тадаси Масасигэ, вскоре превративший буйных сохэев в образцовых солдат, после чего Нэгоро-гуми вошел в состав гвардии Токугавы Иэясу.
Среди спасшихся предводителей Сайга икки был и Сайга Магоити Сигэтомо, основатель школы Сайга-рю ниндзюцу. Сайга Магоити был сыном мелкого феодала Судзуки Садаю из поместья Сайга, что в уезде Умабэ провинции Кии, и имел небольшую крепость в поместье Киси в деревушке Хираи. С детских лет он стремился стать великим полководцем и долгие часы посвящал воинским упражнениям. Известно, что как только Цуда Кэммоцу начал обучать братию из Нэгоро-дэра стрельбе из ружей, Сайга Магоити стал одним из его учеников. А у брата Цуды – Сугинобо Мёсана он изучил премудрости шпионской науки.
Поскольку Магоити был последователем учения Икко и даже построил собственный буддийский храм, в котором был настоятелем, он стал полководцем Исияма Хонган-дзи и сражался на стороне союза против Нобунаги. По преданию, в одном из сражений с войсками Оды он с успехом использовал сяки-но дзюцу – «уловку сбрасывания флагов», переодев своих ниндзя в союзников диктатора. В 1585 г., когда Тоётоми Хидэёси направил в Кии карательную экспедицию против Нэгоро-дэра и Сайга, Магоити сначала командовал одним из отрядов Нэгоро, но позже перешел на сторону Хидэёси и был назначен командиром отряда аркебузиров. Благодаря тому, что он прекрасно знал условия местности и возможности других отрядов Сайга и Нэгоро, Магоити внес немалый вклад в подавление мятежников. Позже он сражался в битвах при Комаки и Нагакутэ на стороне Токугавы, а во время похода армии Тоётоми против Одавары, родового замка Ходзё, командовал отрядом конницы в 150 человек.
В 1600 г., во время борьбы между Токугавой и антитокугавской коалицией во главе с Исидой Мицунари, он поначалу примкнул к антитокугавской коалиции, руководил отрядом синоби при нападении армии Исиды Мицунари на замок Фусими – оплот Токугавы в районе Кансай – и собственноручно обезглавил коменданта крепости Тории Хикоэмона. Однако в важнейшем сражении этой войны – в битве при Сэкигахаре – Сайга Магоити сражался в составе войска Датэ Масамунэ уже на стороне Токугавы. В 1606 г. он поступил на службу непосредственно к сёгуну Токугаве Иэясу, а позже служил другому представителю семьи Токугава – Ёрифусе из княжества Мито и даже стал одним из его главнейших вассалов, получавшим 3000 коку жалованья.
Поскольку Сайга Магоити получил основную воинскую подготовку в монастыре Нэгоро-дэра, школа Сайга-рю была во многом похожа на Нэгоро-рю. В ней тоже основное внимание уделялось использованию огнестрельного оружия. Однако из-за того, что в Сайга было много небольших бухточек, рыболовецких и торговых поселков, ниндзя из Сайга довели до высокого уровня и искусство боя на воде, что они с блеском продемонстрировали во время обороны Исияма Хонган-дзи. Другой оригинальной особенностью школы Сайга-рю было то, что в ее программу вошла особая традиция изготовления шлемов и доспехов, поскольку сам Сайга Магоити был замечательным оружейником.
