20 июня 1935 года последовало новое назначение – начальником Отдела обороны страны (Landesverteidigung; L) Военного управления Военного министерства (1 августа он также получил звание полковника). Этот отдел, созданный на базе военно-политического отдела, был наиболее важным во всем управлении, и Йодль по должности являлся заместителем начальника всего управления. Через три месяца начальником управления и шефом Йодля стал генерал Вильгельм Кейтель – с этого момента и практически до самой смерти их судьбы шли, так сказать, параллельно. При создании 4 февраля 1938 года Верховного командования вермахта (ОКВ) во главе с Кейтелем Йодль сохранил свой пост, а его отдел вошел в Оперативный штаб во главе с генерал-лейтенантом Максом фон Вибаном. Примерно через месяц у Вибана случился нервный срыв – он считал, что аншлюс Австрии перерастет в крупномасштабную войну. Йодль заменил своего шефа, пока как исполняющий обязанности. Когда же по новой реорганизации 1 июня 1938 года Оперативный штаб был преобразован в Штаб оперативного руководства ОКВ, Йодль сразу же был назначен его начальником. Во многом этому назначению способствовало то, что Йодль безоговорочно признал стратегию Гитлера, которого считал выдающимся политиком – как, впрочем, и значительное число (если не большинство) немцев.
В 1938 году Йодль ненадолго оставил ОКВ (замещать его был назначен в статусе исполняющего обязанности новый руководитель Отдела обороны страны Вальтер Варлимонт). Он отправился в Вену, где 20 ноября 1938 года вступил в должность начальника 44-го артиллерийского командования. Это назначение дало ему возможность получить 1 апреля 1939 года звание генерал-майора. Однако Кейтелю Йодль был необходим – замещавший его Варлимонт не обладал столь высоким уровнем подготовки. 23 августа 1939 года Йодль был отозван из Вены и вновь вернулся на старый пост в ОКВ и уже не покидал его до своего ареста союзниками. Получая пост, он предполагал, что Гитлер будет использовать Штаб оперативного руководства для разработки военных планов, но его надеждам не суждено было осуществиться. Планирование агрессивной войны лишь в крайне ограниченной степени коснулось его ведомства – основная работа (в т. ч. и по плану «Барбаросса») была сконцентрирована в Верховном командовании сухопутных войск (ОКХ) и его Генеральном штабе[70]. Хотя в ОКВ именно Йодль курировал «Барбароссу» и принимал деятельное участие в разработке Директивы № 21 от 18 декабря 1940 года. Участвовал он и в разработке «приказа о комиссарах», по которому политические работники Красной армии не считались военнослужащими и на них не распространялись правила обращения с военнопленными».
На долю Йодля выпало участие в планировании и координации операции
