А под землей события разворачиваются сверхдраматически. Машины нападают на город и, несмотря на мужественное сопротивление зеонян — а воюют они посредством неуклюжих шагающих роботов, напоминающих по дизайну трансформеры китайского производства, — легко преодолевают линию обороны. Два последних оставшихся на ходу корабля, в которых жители Зеона шныряют вокруг Матрицы по канализационным коллекторам, разделяются. Один с капитаном Ниобе (Джада Пинкетт Смит) — подружкой Морфеуса — и с самим Морфеусом отправляется на помощь защитникам города и, ворвавшись на поле битвы, в последний момент уничтожает залпом из пушки не только полчища врагов, но и оборонительные сооружения Зеона. Второй корабль с Нео, Тринити и притаившимся среди железных конструкций Иудой-Бейном (в него, напомним, еще во второй серии вселился зловредный Смит) летит без оружия в самое логово врага — в город машин. По дороге следует смертельная схватка Нео с предателем, в ходе которой наш герой лишается сначала глаз, а затем и подружки Тринити. После душераздирающей сцены прощания с любимой Нео вступает в переговоры с Deus ex mahina — ревущей мордой, составленной из мириад железных кальмаров и напоминающей чертами лицо Архитектора. Нео просит о мире, обещая взамен уничтожить агента Смита, который совершенно вышел из-под контроля и заполонил собою всю Матрицу. Машинный бог соглашается.
