Пифия (Глория Фостер), оказывается, тоже не так проста. Она — программа из мира машин, и все ее предсказания о приходе Спасителя — просто еще одна степень контроля Матрицы над людьми. Пифия посылает Нео к Источнику, в главный компьютер Матрицы, и у порога святая святых он встречает седого неприятного старичка — Архитектора, который доходчиво объясняет Нео, что созданная им, Архитектором, последняя версия Матрицы основана на иллюзии выбора: 90 процентов людей подчиняются диктату программ, если внушить им, что у них есть выбор. А те 10 процентов, которые все-таки предпочитают свободу — то есть жители Зеона, — вечный источник нестабильности системы и головная боль. Поэтому Зеон периодически разрушают, Матрицу перезагружают, используя ментальный код Избранного, а затем позволяют ему, отобрав несколько пар чистых и нечистых, начать подпольную человеческую цивилизацию заново. Словом, Нео предлагается выбрать между плохим и очень плохим. Он либо перезагружает компьютер, держащий в рабстве людей, спасает всех спящих и еще пару десятков жителей Зеона; либо бежит выручать Тринити, которая в этот момент падает с небоскреба, отстреливаясь от летящего сверху агента, — и тогда погибнут уже все люди, какие есть на земле. Нео, натурально, бросается на помощь любимой, успевает подхватить ее за секунду до падения на асфальт, вынимает из груди пулю и запускает остановившееся сердце, но на катастрофический ход событий это никак не влияет: машины бурятся в Зеон, корабли людей разрушены, обороняться им нечем. Нео, остановив магическим жестом вытянутой руки нашествие железных кальмаров-убийц (сверхъестественные способности он демонстрирует уже и вне Матрицы), впадает в кому. А рядом с Избранным на соседнем столе лежит Иуда-Бейн, человек, в теле которого поселился зловредный Смит. Иначе говоря, зло вездесуще, оно уже проникло в хрупкий и уязвимый мир Зеона. Больше того, возрастание свободы и могущества Избранного запускает на другом полюсе системы механизм высвобождения и разрастания зла.
