Помощник Оппенгеймера Дэвид Хокинс впоследствии объяснял: «Имплозия давала единственную надежду [на создание плутониевой бомбы], причем, судя по имеющимся основаниям, не очень твердую». Неддермейер и его коллеги из отдела боеприпасов очень мало продвинулись в разработке имплозивной конструкции. Неддермейер, застенчивый человек предпенсионного возраста, любил работать методично и в одиночку. Он потом признал, что Оппенгеймер «проявлял весной 1944 года жуткое нетерпение. <…> Мне кажется, он был недоволен тем, что я не рвался вперед, как требовалось от исследователя в военное время, а действовал, как если бы исследования шли в нормальной обстановке». К тому же Неддермейер был одним из немногих на «холме», на кого обаяние Оппенгеймера не действовало. В раздражении Оппи начал терять терпение, что для него было нехарактерно. «Оппенгеймер взъелся на меня, – вспоминал Неддермейер. – Многие смотрели на него как на источник мудрости и вдохновения. Я уважал его как ученого, но не заглядывал ему в рот. <…> Он мог тебя оборвать и смешать с землей. С другой стороны, я, возможно, действовал ему на нервы». Подогреваемый личным конфликтом кризис, связанный с имплозивной конструкцией бомбы, пришел к развязке в конце лета, когда Оппенгеймер объявил о проведении обширной реорганизации лаборатории.
В начале 1944 года Оппенгеймер склонил к переезду в Лос-Аламос гарвардского эксперта по взрывчатым веществам Георгия Кистяковского по прозвищу Кисти. Кистяковский отличался категоричностью и непреклонной волей. У него сразу же начались стычки с формальным начальником – капитаном Дики Парсонсом. С Неддермейером Кистяковский тоже не ужился, пожилой ученый выглядел в глазах Кисти размазней. В начале 1944 года Кистяковский направил Оппенгеймеру письмо, угрожая своим увольнением. В ответ Оппенгеймер немедленно вызвал Неддермейера и поставил его в известность, что Кистяковский назначается на его место. Неддермейер вышел из кабинета вне себя от возмущения и обиды. Испытывая «непреходящее ожесточение», он тем не менее поддался на уговоры и остался в Лос-Аламосе в качестве старшего технического советника. Оппенгеймер поступил решительно и объявил о новом назначении, не проконсультировавшись с капитаном Парсонсом. «Парсонс пришел в ярость, – вспоминал Кистяковский. – Он решил, что я вступил в сговор у него за спиной, и не простил обиды. Я прекрасно понимаю его чувства, но я был гражданским лицом, Оппи тоже, и мы не были обязаны просить у него разрешения».
Парсонс не мог успокоиться из-за воображаемой потери контроля над отделом боеприпасов и в сентябре направил Оппенгеймеру служебную записку, предлагая передать ему широкие полномочия по всем вопросам проекта имплозивной бомбы. Оппенгеймер ответил вежливым, но твердым отказом: «Полномочия, о которых, как я понимаю, вы просите, я вам передать не могу, потому как не имею их сам. Если быть точным, я не уполномочен, что бы там ни говорилось в регламенте, принимать решения, если их не поймут и не одобрят квалифицированные ученые лаборатории, которым их потом придется исполнять». Как человек военный, капитан ВМС Парсонс хотел бы, чтобы начальство пресекало лишнюю болтовню среди подчиненных. «Вас, как вы говорите, беспокоит, – писал ему Оппенгеймер, – что ваше положение в лаборатории может потребовать вашего участия в пространных дискуссиях для того, чтобы прийти к общему мнению, от которого зависит успех работы. Никакие мои письменные распоряжения не в состоянии отменить эту необходимость». Ученые должны пользоваться свободой дебатов, и Оппенгеймер вмешивался в них лишь для того, чтобы прийти к коллегиальному консенсусу. «Я не предлагаю устраивать лабораторию таким образом, – сообщил он Парсонсу. – Таким образом она устроена уже сейчас».
В разгар кризиса, связанного с выбором конструкции плутониевой бомбы, в Лос-Аламос с очередным визитом приехал Исидор Раби. Он запомнил угрюмую атмосферу на заседании ведущих ученых и дебаты о срочной необходимости найти способ, который заставил бы плутониевую бомбу работать. Вскоре разговор перекинулся на противника. «Кто эти немецкие ученые? Мы всех их знали в лицо», – вспоминал Раби.
«Чем они были заняты? Мы перебрали все до мелочей, возвращаясь к истокам наших разработок и пытаясь найти, в чем немцы могли оказаться умнее, где вынести более здравое суждение, как могли избежать той или иной ошибки. <…> Мы, наконец, пришли к выводу, что они могли догнать и даже перегнать нас. И здорово приуныли. Откуда мы могли знать, чего добился противник? Нельзя было терять ни дня, ни недели. А потеря месяца вообще могла обернуться катастрофой». В середине 1944 года Филип Моррисон подытожил общее настроение: «Войну мы могли проиграть уже потому, что не справились с работой».