В итоге руководство Якутии было отстранено, а фактическая власть перешла к оперативной тройке по ликвидации бандитизма. Её составили временно исполняющий должность секретаря Якобкома ВКП (б) К. К. Байкалов, особоуполномоченный ОГПУ по Якутии С. М. Буда (бывший помначальника Томского окружного отдела ОГПУ) и председатель СНК ЯАССР С. В. Васильев. В преследовании ксенофонтовцев участвовали красноармейские сводные отряды И. Я. Строда (255 чел.), бывшего якутского чекиста Н. Д. Кривошапкина-Субурусского, К. М. Котруса и других. В распоряжении тройки было несколько опытных сибирских чекистов (Ф. Т. Воротилов, Кунцевич), а также «варяги» из Центра во главе с помощником начальника Особого отдела ОГПУ С. В. Пузицким.
Как показал в конце 1929 г. знаменитый чекист Яков Блюмкин, его ещё в 1927-м предполагали отправить на подавление восстания в Якутию, но Пузицкий всё откладывал ознакомление бывшего эсеровского боевика с материалами, а потом сам убыл в Якутск[319]. Вместо отправленного резидентом за кордон Блюмкина лубянские начальники послали в Якутию проштрафившегося ленинградского чекиста. Относительно роли Сыроежкина в якутских событиях известно немногое. С 1927 г. по февраль 1929 г. Сыроежкин являлся уполномоченным Северо-Восточной экспедиции ОГПУ и начальником карательной группы, действовавшей против повстанцев в Среднеколымском округе.
Опыт борьбы с «ксенофонтовщиной» наглядно показал лубянским начальникам, что чекистский аппарат в Якутии был слабым и очевидным образом нуждался в привлечении специалистов со стороны. Так, 3 октября 1927 г. произошёл большой конфуз с участковым уполномоченным ОГПУ В. И. Халиным, который, имея в подчинении шесть человек, в панике бежал при приближении к с. Петропавловск мятежного отряда М. К. Артемьева, состоявшего всего из 14 участников. Вероятно, его испугала судьба одного из местных партийцев: примкнувшие к якутским мятежникам тунгусы Сысолятин, Максимов, Амосов и Атласов, занявшие Петропавловск до прихода отряда Артемьева, по своей инициативе расстреляли коммуниста Петра Прокопьева. Насколько известно, это была единственная человеческая жертва во всей кампании со стороны властей.
И вот Халин, который ранее при подавлении выступлений храбро присваивал трофеи, увидев настоящую опасность, сбежал налегке, бросив как списки информаторов, так и районные сводки вместе с директивами ОГПУ. В январе 1928 г. вся эта документация была обнаружена органами ОГПУ «при захвате бандштаба в Мытатском наслеге». Чекисты сообщали, что в руках повстанцев оказался и наисекретнейший приказ ВЧК от 17 июля 1921 г. № 216 «с инструкцией по осведомлению, разработкам и агентуре, на коем бандитом Ксенофонтовым были сделаны пометки о возможности применения указанной формы работы внутри банды». За «преждевременное бегство… от бандитов» и оставление врагам секретной переписки в сентябре 1928 г. Халин оказался под судом Коллегии ОГПУ[320].
Вообще, повстанцы не демонстрировали особой враждебности к чекистам, оказавшимся в пределах досягаемости. Заведующий факторией коммунист Фомин вместе с сотрудником ОГПУ Рекославским жили на свободе в своём доме в Петропавловске с одним условием: не отлучаться из селения. Отряд М. К. Артемьева перед выездом из Петропавловска во второй половине ноября 1927 г. освободил из-под стражи работника ОГПУ Николая Прокопьева. Когда работу оплошавших местных чекистов стали оценивать прибывшей в Якутск комиссией, то высокопоставленные следователи не ограничились отдачей под суд одного Халина. Так, уполномоченный ОГПУ П. С. Жерготов, добившийся бескровного разоружения отряда Артёмьева, был расстрелян — видимо, с целью скрыть какие-то неприятные для чекистской верхушки факты.
Под беспощадную расправу угодила значительная часть крохотной национальной интеллигенции, насчитывавшей порядка 300 человек. Всего по делу «ксенофонтовщины» было репрессировано 272 чел., из них 128 оказались расстреляны, а 130 — осуждены на различные сроки заключения. Жертвами произвола пали не только непосредственные участники движения, но и непричастные к нему представители якутской интеллигенции. Быстрое подавление «ксенофонтовщины» не изменило чекистские планы оставить в Якутии столичных карателей из ОГПУ на продолжительное время. Логика работников тайной полиции говорила о том, что в поражённой очередным восстанием республике необходимо найти и обезвредить затаившиеся повстанческие ячейки. А связь нелояльных советской власти лиц с японскими и американскими шпионами была для чекистов аксиомой.
