Много было у о. Варсонофия неприятностей после кончины о. Иосифа. Разные лица предъявляли свои претензии: кто относительно своих процентных бумаг, кто — вещей, якобы оставленных на хранение у о. Иосифа, и т. п. Были и личные обиды на о. Варсонофия. Например, в Скиту скончался о. Даниил (Болотов)359, родной брат шамординской игумении Софии (шамординские сестры звали его дядюшкой). Он много потрудился в деле христианской проповеди среди интеллигенции. С целью проповеди его часто отпускали из монастыря в мир. Перед смертью он хотел принять схиму. Но о. Варсонофий указал ему несовместимость его апостольского подвига с обетами схимы, требующими полного отречения от мира. Он спросил его, согласен ли он отказаться от своей апостольской проповеди в случае выздоровления. Подумав, о. Даниил отказался от схимы и так скончался простым иеромонахом. Родственники его не могли простить этого о. Варсонофию.
Между тем подземная работа врага рода человеческого не ослабевала. Им подготовлялась катастрофа. С целью добиться упразднения старчества и закрытия Скита новые монахи являлись из упадочного предреволюционного мира. Им дела не было ни до о. Варсонофия, ни до о. Иосифа. Им нужно было свергнуть существующую власть и захватить в свои руки начальственные должности.
Такими людьми оказались монах360 Патрикий и монах Георгий. Они затеяли бунт, вещь доселе неслыханную в Оптиной Пустыни. Конечно, это была лишь небольшая горсточка братии. (В Оптиной Пустыни до войны было 300 человек братии.) Настоятель архимандрит Ксенофонт, строгий монах, но несколько слабый в управлении, послал за скитоначальником о. Варсонофием, который сразу усмирил бунт, умиротворил братию и настоял на удалении из обители зачинщиков бунта. Последние не сложили оружия и подали жалобу в Синод и одновременно донос на о. Ксенофонта, будто он неправильно ведет лесное хозяйство. Их жалоба и донос нашли в Синоде благоприятную почву. Уже давно находились люди, недовольные о. Варсонофием, пока некая Мария Михайловна Булгак, урожденная Бартенева, начальница Гродненской гимназии и крайне правая политическая деятельница, не произвела того взрыва, который был причиной отъезда о. Варсонофия из Оптиной Пустыни.
Произошло это так. Сначала эта особа проявила обожание к о. Варсонофию. Она обещала завещать Скиту Оптиной Пустыни свой капитал в сто тысяч рублей361. Но на этом основании она решила, что ей дозволено распоряжаться в Скиту. Произошел конфликт, и Мария Михайловна возненавидела о. Варсонофия. Одно время она собиралась поступить в Шамординскую обитель. Узнав об этом, о. Варсонофий покачал головой и сказал: «Ох! И набулгачит же там Булгак!» Желая отомстить о. Варсонофию, Булгак явилась в политический петербургский салон графини Игнатьевой, где можно было встретить епископов, членов Синода, и выложила там весь багаж привезенных из Оптиной клевет и сплетен. Проверять слухи поехала в Оптину Пустынь сама графиня Игнатьева. Она сделала визит настоятелю о. Ксенофонту и заявила, что также сделает визит и о. Варсонофию, но как скитоначальнику, а не как старцу. Отец Варсонофий попросил М. Н. Максимович, супругу варшавского генерал-губернатора, присутствовать при приеме графини. Последняя почти безвыездно жила в Оптиной Пустыни и была тихая и смиренная старушка. Она вела разговор с графиней, а о. Варсонофий молчал. Вернувшись в Петербург, графиня доложила членам Синода, посещавшим ее салон, что в келлии скитоначальника стояли цветы и что чай разливала дама.
В результате всех этих жалоб и слухов Святейший Синод назначил ревизию. Для ведения следствия был назначен епископ Серафим Чичагов. Он прибыл в Оптину Пустынь под 1 января 1911 г.362 и после всенощного бдения выступил для произнесения проповеди. Он начал с того, что монахи бывают послушными и непослушными. Все ожидали, что речь коснется удаленных за бунтарство монахов, их своеволия и непокорности. Но каково было всеобщее горестное изумление, когда он начал громить и поносить о.о. настоятеля и скитоначальника, двух старцев, склонивших перед ним свои убеленные головы и поддерживавших его под руки. «Какой ты старец?» — крикнул епископ на о. Варсонофия. Смиренный о. игумен ответил кротко: «Я не самовольно старчествую, владыка, меня Синод назначил». Народ, свидетель этого, покидал собор возмущенный и взволнованный.
На другой день епископ Серафим собрал братию и поставил вопрос о принятии обратно удаленных за бунт монахов. Отец архимандрит Ксенофонт соглашался их принять, если покаются. Но старец о. Варсонофий отнесся отрицательно, говоря, что он не верит в их покаяние. Но монастырская братия, видя, что обратный прием этих бунтовщиков епископу желателен, стали давать со страху ответы уклончиво. К сожалению, столпы Оптинские, отцы иеромонахи Анатолий, Нектарий и Феодосий, отсутствовали... Смутьяны были не только приняты, но даже один из них был сделан казначеем.
