После «литовского разорения» Орел в очередной раз восстановили, крепость отстроили заново, а гарнизон, насколько это было возможно, пополнили людьми и военными припасами. Новый город являлся лишь бледной тенью старого. От военных неурядиц значительно уменьшилось его население - многие погибли или разбежались, другие были на службе в полках. Сильно сократились и его размеры - отстроили заново только кремль - Рубленый город и примыкавший к нему Малый острог. Большой острог из-за его значительных размеров и нехватки людей защищать было труд, но, к тому же на восстановление потребовалось бы много средств, поэтому его укрепления восстанавливать не стали, и он был оставлен. Вся жилая застройка и осадные дворы сосредоточились на территории Малого острога - строиться за пределами крепостных стен ввиду постоянной опасности «от приходу воинских людей» - татар и литовцев было строжайше запрещено. О прежних размерах города свидетельствовали только находившиеся вне крепостной стены многочисленные ямы от погребов и полусгнившие нижние венцы срубов на месте былых посадов и слобод.
