15 июня Конгресс назначил Джорджа Вашингтона главнокомандующим новой континентальной армии, а 17 июня 1775 г. колониальные войска (не возглавляемые Вашингтоном и не зачисленные в состав континентальной армии) провели одно из самых кровопролитных сражений Революционной войны у Банкер-Хилла и Бридс-Хилла неподалеку от Бостона. Примерно в то же время многие другие колонии поручали своим делегатам найти способы отстаивания «американских прав и свобод» и одновременно восстановления «гармонии между Великобританией и колониями». Даже более пассивно настроенные делегаты не находили никаких противоречий в поддержке военных действий и в то же время компромиссных решений, которые позволили бы сохранить американских колонистов в составе британской нации.
В массу явных противоречий, сопровождавших переход от отстаивания прав англичан к борьбе за независимость, можно включить и переменчивую политику Континентального конгресса в отношении Квебека. 29 мая 1775 г. Конгресс пригласил Квебек присоединиться к тринадцати колониям в их сопротивлении британскому гнету, заявив, что «судьба протестантских и католических колоний» «тесно связана». Через три дня делегаты заявили, что, поскольку «этот Конгресс не имеет в виду ничего иного, кроме защиты этих колоний… никакие экспедиции или вторжения не должны предприниматься или совершаться какой-либо колонией или группой колонистов против или в Канаду». Это заявление полностью соответствовало приглашению, направленному Квебеку, и уже сложившейся позиции, согласно которой вооруженные действия против англичан могут быть предприняты только для защиты прав колонистов как англичан. Однако Квебек не принял приглашения присоединиться к тринадцати колониям, расположенным к югу от него, вероятно, потому, что, как отмечает Майер, другие колонии были враждебно настроены к католицизму. Поэтому менее чем через месяц, 27 июня, Континентальный конгресс отдал приказ о вторжении в Квебек — решение, которое нельзя назвать ни оборонительным, ни соответствующим мнимому статусу колонии-брата. 16 мая 1775 г. Конгресс провинции Массачусетс обратился к Континентальному конгрессу за советом, как ему воссоздать свое правительство теперь, когда они сбросили королевскую власть. В ответ Континентальный конгресс рекомендовал колонии избрать ассамблею и совет в соответствии с уставом 1691 г., а затем считать должности королевского губернатора и лейтенант-губернатора вакантными до тех пор, пока не появятся представители власти, обязавшиеся «управлять колонией в соответствии с ее уставом». Это минималистское предложение одновременно обеспечивало эффективное управление провинцией и в то же время позволяло вернуться в лоно королевской власти без существенной институциональной перестройки, если британцы пойдут на соответствующие уступки колониальным требованиям. В последующие месяцы несколько других колоний попросили и получили аналогичный совет.
Эти действия были важны по нескольким причинам. Во-первых, колонии, обратившиеся с этими просьбами, молчаливо признали роль Континентального конгресса как легитимирующего органа. Однако это признание было квалифицировано тем, что колонии просили «совета», а не «разрешения». Кроме того, опора на королевские хартии, хотя и без королевских уполномоченных, обеспечивала максимальную преемственность с дореволюционными традициями, обычаями и практикой. Тем самым и Континентальный конгресс, и колонии исходили из того, что именно нынешние король и парламент отступили от законных принципов прав англичан, а не колонисты; последние, сопротивляясь имперскому правлению, просто нарушали обычаи и традиции. Наконец, советы Континентального конгресса еще раз подтвердили сохраняющуюся двусмысленность перехода к политической автономии, поскольку делегаты, по-видимому, ожидали, даже предвидели, возвращения власти короны после урегулирования разногласий с родиной.