Во время Великой Отечественной войны с июня 1941 года заместитель начальника оперативного отдела штаба Юго-Западного фронта. С ноября 1941 года начальник штаба 1-й ударной армии (Западный и Северо-Западный фронты). С мая 1942 года командовал 1-м, а с декабря 1942-го — 12-м гвардейским стрелковыми корпусами на Северо-Западном и 2-м Прибалтийском фронтах. С мая 1944 года командовал 1-й ударной армией 2-го и 3-го Прибалтийских фронтов.
Генерал Захватаев участвовал в разгроме немецко-фашистских войск под Москвой, окружении демянской группировки противника.
Приняв 4-ю гвардейскую армию, он умело использовал ее войска в отражении мощных ударов противника у Будапешта, нанес ему в ходе сражения существенные потери.
Возглавляемая генералом Захватаевым 4-я гвардейская армия, взаимодействуя с другими армиями фронта, уничтожила в Балатонском сражении около 45 тысяч солдат и офицеров. Противник потерял около 500 танков и штурмовых орудий, до 300 орудий и минометов, столько же бронетранспортеров и свыше 250 самолетов.
Теперь 4-й гвардейской армии предстояло новое испытание — операция по освобождению Вены.
Командовал войсками 2-го Украинского фронта маршал Малиновский. Это был опытный военачальник, который показал свою зрелость в 1936–1938 годах в Испании, где был военным советником в республиканской армии. В марте 1941 года его, генерал-майора, назначили в Одесский военный округ командиром 48-го стрелкового корпуса. Здесь, на берегу Прута, он и встретил войну.
Занимая 240-километровый по фронту участок, корпус планомерно отходил от одного оборонительного рубежа к другому, нанося противнику потери. В районе Николаева противнику удалось корпус окружить. Немецкие самолеты разбрасывают листовки, призывая окруженных сдаться в плен: «Все вы в кольце и выхода из него нет!» Однако комкор находит выход: бойцы разрывают клещи и прорываются из окружения.
Командующий Южным фронтом генерал-полковник Черевиченко так аттестовал Малиновского:
Осенью он возглавил 6-ю армию. Двадцать два дня армия держала оборону на Днепре. Потеряв надежду на успех, гитлеровское командование перенесло усилия на соседние участки фронта.
1942 год генерал-лейтенант Малиновский встретил уже командующим войсками Южного фронта.
Командование Юго-Западным, стремясь использовать успех наступления под Москвой, запросило Ставку о проведении наступательной операции на юге с целью освобождения Донбасса.
Предложение было заманчивым, и Ставка дала согласие. Но не обеспечила наступающих необходимыми силами и средствами.
Войска Южного фронта перешли в наступление, нанесли врагу потери, но и сами оказались обескровленными. А вскоре, летом, немцы предприняли наступление на Кавказ.
Против мощных — неприятельских сил Южный фронт устоять не смог.
Много позже в одном из интервью Родиона Яковлевича спросили: «Какой день войны вам наиболее памятен?» Он ответил: «Одного дня назвать не могу. Тем более что память о поражениях вообще острее и долговечнее памяти о победах. Памятен, конечно, и день освобождения Одессы, это моя родина, и дни Ясско-Кишиневской операции, и Будапешт, и день Победы над Германией, но, может быть, памятнее всего самый тяжелый день — когда пришлось оставить Ростов».
Летом 1942 года его с понижением в должности направили под Сталинград, командующим 66-й армии. В ноябре 1942 года в районе Тамбова была создана 2-я гвардейская армия. Решался вопрос о ее командующем. И тогда на командный пункт Малиновскому позвонил Сталин:
— У нас есть очень хорошая резервная гвардейская армия, нам нужен и соответствующий командарм. Как вы смотрите, если мы вас назначим командармом?
Пока Верховный Главнокомандующий перечислял боевой состав армии, генерал напряженно думал — принять предложение или отказаться. Конечно, командовать гвардейской армией большая честь, но ведь он, Малиновский, уже руководил войсками целого фронта. К тому же названный Сталиным состав армии весьма убедительно говорил о ее необычном предназначении и больших оперативных возможностях.
Он согласился, пообещав приложить все силы, чтобы оправдать доверие Ставки.
