Необходимо отметить, что, несмотря на государственный характер православия, другие признанные в стране вероисповедания обладали полными правами. Протестантские церкви (лютеранство и т. д.) были совершенно автономны, и даже католическая церковь, хотя большинство католиков были поляки, заведомо нелояльные к Российскому государству, имела свои епархии с епископатом, духовные семинарии и академию, в столице находился папский легат (посол). Почти все монашеские ордены имели свои монастыри, кроме иезуитов, изгнанных из России в 20-х гг. XIX в. Католики подвергались незначительным ограничениям на военной службе (практически не было производства старших офицеров в генеральские чины), да в конце XIX в. для католиков была введена процентная норма в российских университетах. Мусульмане же вообще не подвергались никаким ограничениям, имея свою духовную иерархию и духовные школы (медресе). Даже евреи иудейского вероисповедания могли открывать синагоги и избирать для отправления религиозных обрядов и духовного суда (а практически и «домашнего» суда по мелким бытовым вопросам) раввинов, а в черте оседлости существовали еврейские духовные начальные и средние школы – хедеры и иешеботы. При Николае I был открыт Еврейский педагогический институт для подготовки казенных раввинов, но еврейские самоуправляющиеся общины, кагалы, рядом с ними могли избирать своих раввинов, так что казенный раввин вел только документацию. В Юго-Западном крае существовала даже любопытная должность «ученого еврея» при губернаторе, который выступал советником по делам, связанным с еврейским населением; такая же должность была при министре народного просвещения. Между тем иудаизм был наиболее гонимой религией. Ограничения для иудеев прежде всего заключались в существовании черты оседлости, за пределами которой, однако, могли свободно проживать евреи с высшим образованием, купцы 1-й гильдии с семействами, приказчиками и прислугой, отставные солдаты (служившие по рекрутским наборам) и ремесленники, занимающиеся производствами, в которых не хватало специалистов-христиан (кроме винокурения). Во второй половине XIX в. от политики ассимиляции евреев иудейского вероисповедания постепенно совершается переход к политике их изоляции: для них была введена процентная норма в высших учебных заведениях (разного уровня в различных заведениях, но везде превышавшая процентное соотношение иудеев и христиан), Александр III запретил производство иудеев в офицерские чины. Хотя иудеи могли носить традиционное платье и прическу (пейсы, еломок (ермолку), лапсердак, короткие штаны с белыми чулками и «патынки» (туфли) и употреблять кошерную пищу, то и другое облагалось особыми налогами (коробочным сбором с портных и налогом с резников, особым образом забивавших скот и птицу, чтобы спустить кровь). Здесь употребляется термин «иудей» потому, что этнический еврей неиудейского вероисповедания не рассматривался, как еврей, а как русский.
Преследованиям подвергались не иноверцы, а отступления от религии. Так, когда в 40-х гг. XIX в. в Юго-Западном крае стало быстро распространяться мистическое течение в иудаизме – хасидизм, русское правительство, не вмешивавшееся в дела иудейской религии, выслало по просьбе раввината из страны зачинателя этого течения – цадика Шнеерсона из Любавичей. Наиболее же серьезным преследованиям подвергались отступления от православия, и горше всего пришлось именно православным, но старообрядцам, на которых при Николае I обрушились кары, вплоть до закрытия скитов и ссылки в Сибирь «перемазавшихся» беглых из православия попов. Переход из православия в иные вероисповедания, даже и христианские, не говоря о нехристианских, не допускался ни при каких обстоятельствах. Зато переход в православие поощрялся, и еврей-выкрест не только получал все гражданские права, но и некоторые существенные блага, например освобождение от рекрутчины и поддержку какой-либо светской дамы-патронессы или местного архиерея.
