Слуга князей Шуйских прибыл во дворец, доложил Годунову о том, что его господа вместе с купцами московскими замыслили измену царю. Этого доноса вполне хватило для начала следствия. Князей Шуйских, а также их друзей и единомышленников, дворян, купцов, слуг взяли под стражу. На представителей княжеского рода рука у палачей не поднялась, зато дворянам, купцам, слугам в те дни крупно не повезло. Пытали их самыми изощренными пытками, спрашивали при этом о заговоре, об участии в нем Шуйских и их друзей. Но заговора никакого не было. И доносчиков не было среди испытуемых. Они молчали. Они были верны своим князьям, своим господам, своей чести.
Доносчик остался один. Но Годунову больше и не нужно было! Дыма без огня не бывает. Приговор внешне выглядел несуровым. Всех князей Шуйских сослали в отдаленные области, лишь Василию Федоровичу разрешили жить в Москве, отняв у него при этом каргопольское местничество.
Друзей Шуйских разослали в места еще более отдаленные, благо у русских царей теперь появилась Сибирь. Больше всего не повезло в этом деле московским купцам: семерым из них отрубили головы.
Митрополит Дионисий и крутицкий архиепископ Варлаам смело выступили против беззакония Годунова, во всеуслышание обвиняя его в тирании. Правитель без церковного суда лишил того и другого высокого сана и отправил в заточение в монастыри. В митрополиты был посвящен ростовский архиепископ Иов.
Но на этом Борис не остановился. По свидетельству летописцев, он повелел удавить главных врагов своих из рода Шуйского: Андрея Ивановича и псковского героя Ивана Петровича. Их и удавили без особого труда. Рюриковичам был нанесен очередной страшный удар. Но шанс продержаться еще чуть-чуть у них был, только вот шанс этот был неспасительный: помощи им ждать было не от кого.
Об этом шансе Борис прекрасно знал. В Ливонии жила вдова короля Магнуса, дочь князя Владимира Андреевича Старицкого с двухлетней дочерью Евдокией. Годунов, общаясь с иностранцами, мог знать, что на Западе в XVI веке женщины восседали на престоах. Мария Тюдор, Мария Стюарт, Екатерина Медичи справлялись с монаршими обязанностями. На Русской земле эту роль вполне могла исполнить королева по отцу, прямой потомок Рюрика, Евдокия!